减少定位地震时循环计算所用的时间和内存
减少定位地震时循环计算所用的时间和内存
提问于 2020-01-16 06:22:35
我正在尝试定位震动，这是一种振幅较小的地震。我使用网格搜索，这是一种找到“地震波到达的差分时间的理论值和观测值之间的差异”达到最小的坐标的方法。
我编写的代码如下所示。首先，我定义了两个函数来计算震源到网格上每个点的距离，并使用obspy来计算地震波的传播时间。
def distance(a,i):
return math.sqrt(((ste[a].stats.sac.stla-la[i])**2)+((ste[a].stats.sac.stlo-lo[i])**2))
def traveltime(a):
return model.get_travel_times(source_depth_in_km=35, distance_in_degree=a, phase_list=["S"], receiver_depth_in_km=0)[0].time然后，我使用以下代码进行了网格搜索。
di=[(la[i],lo[i],distance(a,i), distance(b,i)) for i in range(len(lo))
for a in range(len(ste))
for b in range(len(ste)) if a<b]
didf=pd.DataFrame(di)
latot=didf[0]
lotot=didf[1]
dia=didf[2]
dib=didf[3]tt=[]
for i in range(len(di)):
try:
tt.append((latot[i],lotot[i],traveltime(dia[i])-traveltime(dib[i])))
except IndexError:
continue
ttdf=pd.DataFrame(tt)final=[(win[j],ttdf[0][i],ttdf[1][i],(ttdf[2][i]-shift[j])**2) for i in range(len(ttdf))
for j in range(len(ccdf))]其中la和lo是0.01度间隔的纬度和经度坐标列表，ste是每个台站的东向分量地震记录列表。我必须得到列表“最终”才能继续下一步。
然而，问题是计算上面写的三段代码需要太多的时间。此外，经过几十个小时的计算后，我得到的结果是'out out memory‘错误消息。有没有可以同时减少时间和内存的解决方案？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-02-15 04:44:44
如果不能访问您的数据集，调试会有些困难，但这里有一些建议。
for i in range(len(di)):
try:
tt.append((latot[i],lotot[i],traveltime(dia[i])-traveltime(dib[i])))
except IndexError:
continue·考虑到这些列表的大小，我认为垃圾收集器可能会降低for循环的速度；您可以考虑在循环期间将其关闭(gc.disable())。
·理论上，Append语句不应该是性能问题的根源，因为它过度分配：
/* This over-allocates proportional to the list size, making room
* for additional growth. The over-allocation is mild, but is
* enough to give linear-time amortized behavior over a long
* sequence of appends() in the presence of a poorly-performing
* system realloc().
* The growth pattern is: 0, 4, 8, 16, 25, 35, 46, 58, 72, 88, ...
*/
new_allocated = (newsize >> 3) + (newsize < 9 ? 3 : 6);但是您已经知道了数组的大小，所以可以考虑在for循环之前使用numpy.zeroes()来填充列表，并使用索引直接寻址每个元素。或者，您可以只使用列表理解，就像您之前所做的，完全避免这个问题。
·我看到您已经用python-3.x标记了这个问题，所以range()应该不会像在2.x中那样成为问题(否则您会考虑使用xrange())。
如果您使用更多详细信息更新您的问题，我可能会提供更详细的answer...hope，这将有所帮助。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/59760405
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