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问使用HMMER3.0 (hmmalign)将蛋白质序列与Pfam文件比对
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Stack Overflow用户

提问于 2018-02-01 06:17:57

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我正在使用HMMER 3.0 (具体地说是hmmalign)将整个人类蛋白质组与Pfam文件进行比对。我获得了蛋白质组here和Pfam文件here，并使用以下命令下载了文件Pfam-A.hmm.gz：

hmmalign -o human.out Pfam-A.hmm Homo_sapiens.GRCh38.pep.all.fa

我得到了错误：

Error: HMM file Pfam-A.hmm does not contain just one HMM

发布于 2018-02-01 22:32:52

我想你可能用错了工具。引用HMMER手册，第70页，来自他们的网站：

hmmscan用于根据蛋白质简档集合搜索蛋白质序列。

对于seqfile中的每个序列，使用该查询序列在hmmdb中搜索配置文件的目标数据库，并输出与该序列具有最重要匹配的配置文件的分级列表

因此，尝试将hmmalign更改为hmmscan。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/48552376

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