在我的系统发育树的每一端都有多个个体的数据时，如何分析一个性状？
在我的系统发育树的每一端都有多个个体的数据时，如何分析一个性状？
提问于 2018-05-12 18:03:23
我刚接触系统发育分析，我正在使用ape库分析来自28个不同物种的34个灵长类动物的神经解剖学特征。我使用10ktree获得了一个一致的系统发生树(有28个提示)。然而，我不能将表型和树结合起来，因为观察的数量与提示的数量不匹配。我是否应该使用多段切割法将一个尖端分割成多个主题？
这是我到目前为止的代码：
tree <- read.nexus("10ktree.nex")
pheno <- read.csv("pheno.csv")
BrainVolume <- pheno$BrainVolume
names(BrainVolume) <- pheno$GenBank.Name
pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)我得到了以下错误：
Error in pic(BrainVolume, tree) :
length of phenotypic and of phylogenetic data do not match谢谢你的帮助!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2018-05-12 20:18:36
正如我在评论中所说的，Emmanuel Paradis的书“与R的系统发生和进化分析”第二版(2012)中的第6.1.10章“种内变异”就是关于这个问题的信息。本章讨论了几种方法。这是一个，基于Felsenstein (2008)，它将每个物种的单个个体系统发育对比方法扩展到多个个体。
每个物种对pic的单个调用是pic.BrainVolume <- pic(BrainVolume, tree)，其中BrainVolume是一个载体。对于多个体方法，BrainVolume必须是一个列表，其中一些条目可以具有表示同一物种的多个个体的值的向量。我使用以下命令创建了原始pheno文件的“分组”版本
grouped<-split(pheno,pheno$GenBank.Name)接下来，使用lapply列出BrainVolume表型：
BrainVolume<-lapply(grouped,"[[","BrainVolume")最后，使用实现Felsenstein方法的pic.ortho函数：
pic.SA<-pic.ortho(SA,tree,intra=TRUE)生成的对比度可以与原始的pic命令一样使用。
参考
Felsenstein J (2008)“具有抽样误差和种内变异的比较方法:重新审视和修订的对比”，美国博物学家171: 713-725
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/50305026
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