问使用流量平衡分析对系统进行建模-代谢物不能引入系统(CobraPY)

EN

我知道这是一个古老的问题，但对于其他人来说，这是一个很好的问题，即使在生物学论坛上可能会更好。

基于约束的建模和通量平衡分析基于化学计量模型，其中所有反应都必须达到质量平衡，因此蛋白质和酶很难建模。但我可以从你的情况来解释标记为"D“的蛋白质正在被消耗，所以一定有一个反应在创造它。在FBA中，我们一直将蛋白质建模为代谢物；考虑细胞色素C或铁氧还蛋白，其中一个反应消耗还原的铁氧还蛋白，然后产生氧化的铁氧还蛋白，因此总方程式是质量平衡的。

如果你的蛋白质"D“参与了反应(比如提供电子，或甲基等)，你就可以使你的蛋白质成为代谢物，并通过反应形成它。

请参阅本教程(https://cobrapy.readthedocs.io/en/latest/building_model.html#Model,-Reactions-and-Metabolites)

你问题的最后一部分，“允许蛋白质或其他代谢物的简短引入，然后将其从系统中移除”是FBA的另一个限制，我们总是假设系统处于稳定状态。因此，为特定的“时间块”引入代谢物是不起作用的。其他技术可以帮助解决这个问题，例如dynamicFBA和动力学建模。

所以，如果有可能找到产生蛋白质D的反应，我会像这样纠正你的反应：

A+B --> C

X+ D_0 -> D_1

C+ D_1 --> E+ D_

E+F --> G

当https://area51.stackexchange.com/proposals/125068/synthetic-biology可用时，这将是一个很好的问题。