如何解决Matlab调用Anaconda env时numpy导入错误
我想从Matlab (在Windows7机器上)执行Python脚本。所需的库安装在Anaconda虚拟环境中。当从命令行运行脚本时，它可以完美地运行。
从Matlab中调用脚本时，如下所示：[status, commandOut] = system('C:/Users/user/AppData/Local/Continuum/anaconda3/envs/tf/python.exe test.py');
或者使用shell命令，我得到了一个导入错误：
commandOut =
'Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\core\__init__.py", line 16, in <module>
from . import multiarray
ImportError: DLL load failed: The specified path is invalid.
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "test.py", line 2, in <module>
import numpy as np
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\__init__.py", line 142, in <module>
from . import add_newdocs
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\add_newdocs.py", line 13, in <module>
from numpy.lib import add_newdoc
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\lib\__init__.py", line 8, in <module>
from .type_check import *
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\lib\type_check.py", line 11, in <module>
import numpy.core.numeric as _nx
File "C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\lib\site-packages\numpy\core\__init__.py", line 26, in <module>
raise ImportError(msg)
ImportError:
Importing the multiarray numpy extension module failed. Most
likely you are trying to import a failed build of numpy.
If you're working with a numpy git repo, try `git clean -xdf` (removes all
files not under version control). Otherwise reinstall numpy.
Original error was: DLL load failed: The specified path is invalid.我已经将默认的Matlab Python版本更改为Anaconda env，但没有更改：
version: '3.5'
executable: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\python.exe'
library: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf\python35.dll'
home: 'C:\Users\user\AppData\Local\Continuum\anaconda3\envs\tf'
isloaded: 1只运行我的测试脚本而不导入numpy works。重新加载numpy (py.importlib.import_module('numpy');)不起作用，但抛出了和以前一样的错误。
有谁知道怎么解决这个问题吗？
回答 3
Stack Overflow用户
发布于 2018-06-22 15:24:42
因此，在与Matlab支持进行通信后，我发现Matlab依赖于路径环境(使用虚拟环境时故意不设置的路径)，因此当从Matlab中调用numpy时，无法找到必要的路径(即使调用包含到虚拟环境的路径)。
解决方案是从虚拟环境中调用Matlab (通过命令行)，或者在path环境中手动添加缺少的路径。也许这些信息可以帮助其他人。
Stack Overflow用户
发布于 2019-05-16 22:51:46
First方法
您可以使用以下命令更改python解释器：
pyversion("/home/nibalysc/Programs/anaconda3/bin/python");并使用以下命令进行检查：
pyversion();您也可以在
初创公司下午
文件，每次你从这个文件夹启动MATLAB时，python解释器都会自动改变。
现在您可以尝试使用：
py.importlib.import_module('numpy');阅读有关如何在MATLAB中使用集成的python的文档：
Call user defined custom module
替代方法
另一种方法是创建一个
matlab_shell.sh
文件包含以下内容，这基本上是安装anaconda时来自.bashrc的附加代码，并询问您安装程序是否应该修改.bashrc文件：
#!/bin/bash
__conda_setup="$(CONDA_REPORT_ERRORS=false '$HOME/path/to/anaconda3/bin/conda' shell.bash hook 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
\eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "$HOME/path/to/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
CONDA_CHANGEPS1=false conda activate base
else
\export PATH="$HOME/path/to/anaconda3/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda init <<<
# >>> conda initialize >>>
# !! Contents within this block are managed by 'conda init' !!
__conda_setup="$('$HOME/path/to/anaconda3/bin/conda' 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"
if [ $? -eq 0 ]; then
eval "$__conda_setup"
else
if [ -f "$HOME/path/to/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh" ]; then
. "$HOME/path/to/anaconda3/etc/profile.d/conda.sh"
else
export PATH="$HOME/path/to/anaconda3/bin:$PATH"
fi
fi
unset __conda_setup
# <<< conda initialize <<<
conda activate base
eval $2然后，您需要在运行MATLAB之前或在MATLAB中设置MATLAB_SHELL环境变量。在我看来，最好的做法是在startup.m文件中也这样做：
setenv("MATLAB_SHELL", "/path/to/matlab_shell.sh");之后，您可以使用系统(...)函数来运行conda python，所有模块都是这样安装的……
字符串表示法：
system("python -c ""python code goes here"");字符表示法：
system('python -c "python code goes here"');希望这能有所帮助！
Stack Overflow用户
发布于 2020-04-13 05:45:01
首先，如果您像执行常规系统命令([status, commandOut] = system('...python.exe test.py'))一样执行Python脚本，那么pyversion (和pyenv，因为是R2019b)根本不起作用。只有在使用py.集成时才重要，如下面的代码所示(在大多数情况下，这是一种更好的方法)。
目前(我使用的是R2019b update 5)有许多陷阱，可能会导致类似您的问题。我建议从以下几点开始：
- 创建新的干净的conda环境：
conda create -n test_py36 python=3.6 numpy- 创建以下虚拟
demo1.py
def dummy_py_method(x):
return x+1- 创建以下
run_py_code.m
function run_py_code()
% explicit module import sometimes show more detailed error messages
py.importlib.import_module('numpy');
% to reloads if there would be any changes:
pymodule = py.importlib.import_module('demo1');
py.importlib.reload(pymodule);
% passing data back and forth
x = rand([3 3]);
x_np = py.numpy.array(x);
y_np=pymodule.dummy_py_method(x_np);
y = double(y_np);
disp(y-x);- 创建以下
before_first_run.m
setenv('PYTHONUNBUFFERED','1');
setenv('path',['C:\Users\username\Anaconda3\envs\test_py36\Library\bin;'...
getenv('path')]);
pe=pyenv('Version','C:\users\username\Anaconda3\envs\test_py36\pythonw.exe',...
'ExecutionMode','InProcess'...
);
% add "demo1.py" to path
py_file_path = 'W:\tests\Matlab\python_demos\call_pycode\pycode';
if count(py.sys.path,py_file_path) == 0
insert(py.sys.path,int32(0),py_file_path);
end- 首先运行
before_first_run.m，然后运行run_py_code.m。
备注：
- 正如在this answer中已经提到的，一个关键点是在启动python之前将包含必要的dll文件的文件夹添加到
%PATH%中。这可以通过Matlab语言中的setenv实现。通常，应该添加Library\bin。 - 尝试干净的官方支持的CPython发行版(例如CPython 3.6.8 )可能是个好主意。只安装numpy (
python -m pip install numpy)。根据我的经验，在这种情况下setenv是不必要的。 - 对我来说，
OutOfProcess模式被证明是错误的。因此，我建议显式设置InProcess模式(对于R2019b之前的版本，OutOfProcess选项不存在，并且pyenv). - Do不要将上面的两个
.m文件连接成一个-py.importlib语句似乎是预执行的，因此与pyenv.
冲突
https://stackoverflow.com/questions/50951178
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