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问在R中自动定位文件
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Stack Overflow用户

提问于 2018-11-16 19:23:08

回答 1查看 128关注 0票数 0

我正在尝试弄清楚R代码，并将其自动化，这样我就不必每次都指定文件位置，只需指定父文件夹的位置即可。在父文件夹中，将有n个子文件夹存放所需的文件。

目前，我要做的是手动指定所有子文件夹的位置。

代码是这样的：

First a function:

```{r include = T}

    loadSC <- function(path){

    sc <- read10XResults(path)

    Genes <- as.character(rowData(sc)[startsWith(rowData(sc)$symbol, "mt-"),]$id)

    isSpike(sc, "MT") <- rownames(sc) %in% Genes

    sc <- calculateQCMetrics(sc,

                              feature_controls = list(

                                MT =  isSpike(sc, "MT")

))

指向文件(这是想要的，我希望它能自动标识子文件夹的数量。在这里，我们有5个子文件夹K1，K2，K3，K4，K5，并在其中查找文件)

```{r include = T}

    sc_1 = loadSC("Sample/K1/outs/matrices/mm10/")

    sc_2 = loadSC("Sample/K2/outs/matrices/mm10/")

    sc_3 = loadSC("Sample/K3/outs/matrices/mm10/")

    sc_4 = loadSC("Sample/K4/outs/matrices/mm10/")

    sc_5 = loadSC("Sample/K5/outs/matrices/mm10/")

```

Also, i have similar chunk below this one that will also need to be looped in.

```javascript

    metadata(sc_1)["name"] <- "iM-1"
    metadata(sc_2)["name"] <- "iM-2"
    metadata(sc_3)["name"] <- "iM-3"
    metadata(sc_4)["name"] <- "iM-4"
    metadata(sc_5)["name"] <- "iM-5"

我是在Rmarkdown中这样做的。

一个小小的指导或者一个有效的例子将会很有帮助。

提前谢谢你

r-markdown

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2018-11-16 21:09:13

假设你的数据是这样存储的：

/K3

Sample (父文件夹)
--> /K1 /K1 /K2
-->

访问数据的一种简单方法是：

# This function gets all the folder paths inside "Sample" 
paths <- list.dirs(path = "Sample", recursive = FALSE)
# To access the data, you should get used to lapply()
data <- lapply(paths, loadSC)
# To keep an overview where the data is from
names(data) <- paths

因此，您将获得一个包含所需数据的综合命名列表。您可能需要调整loadSC()，但将来只需更改父文件夹即可分析另一个数据集。干杯

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/53336885

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