使用闪亮的、查询和显示数据
使用闪亮的、查询和显示数据
提问于 2019-06-27 02:29:56
我有几个问题：(a)使用Rshiny以交互模式显示数据(2)查询mongodb查询的结果。下面给出了我的代码，它看起来像独立的部分，但不能很好地结合在一起。
对于问题(a)，我以前使用过Output$values，这似乎是可行的。在问题(b)的代码中注释掉了，我使用mongolite R包来查询数据，并使用reactive来传递查询。
library(data.table)
library(tidyverse)
library(shiny)
library(mongolite)
epi <- read.csv("./data/Genes.csv", header=T)
label = "gene"
epilist <- data.frame(epi$gene, label)
names(epilist) = c("value", "label")
df <- read.table("./data/CCLE_meta.csv", header=TRUE, sep=",", na.strings="NA", fill=TRUE)
dd <- data.frame((df$Tissue))
names(dd) = "Tissue"
cell1= dd %>% add_row(Tissue = "all")
label = "Tissue"
cell <- data.frame(cell1$Tissue, label)
names(cell) = c("value", "label")
ui <- fluidPage(
titlePanel("Dependencies for EpiGenes"),
sidebarLayout(
sidebarPanel(
selectizeInput("epiInput","gene", choices=NULL, selected=NULL),
selectizeInput("cellInput","Tissue", choices=NULL, selected=NULL),
textOutput("values")
),
mainPanel(
tabsetPanel(type = "tabs",
tabPanel("Fusions", tableOutput("table")),
tabPanel("CancerGD", tableOutput("table")),
tabPanel("CCLEmeta", tableOutput("table")),
tabPanel("EpiGenes", tableOutput("table"))
)
)
)
)
server <- function(input, output, session) {
updateSelectizeInput(session, 'epiInput',
choices = epilist$value,
server = TRUE)
updateSelectizeInput(session, 'cellInput',
choices = cell$value,
server = TRUE)
#output$values <- renderText({
# paste(input$epiInput, input$cellInput)
#})
### Looking into Epi Genes
con1 <- mongo(collection = "Genes", db = "discovery", url = "mongodb://127.0.0.1:27017")
data.for.table1 <- reactive({
query.foo <- paste0('{"gene" : epiInput}')
con1$find(query = query.foo, limit = 100)
})
output$EpiGenes <- renderDataTable({
data.for.table1()
})
### Looking into Cell Line Metadata
con0 <- mongo(collection = "CellLine", db = "discovery", url = "mongodb://127.0.0.1:27017")
data.for.table0 <- reactive({
query.foo <- paste0('{"Tissue" : input$cellInput}')
con0$find(query = query.foo, limit = 100)
})
output$CCLEmeta <- renderDataTable({
data.for.table0()
})
### Looking into fusion genes
con2 <- mongo(collection = "fusions", db = "discovery", url = "mongodb://127.0.0.1:27017")
data.for.table2 <- reactive({
query.foo <- paste0('{"gene" : input$epiInput}')
con2$find(query = query.foo, limit = 100)
})
output$Fusions <- renderDataTable({
data.for.table2()
})
### Looking into CancerGD
con3 <- mongo(collection = "CancerGD", db = "discovery", url = "mongodb://127.0.0.1:27017")
data.for.table3 <- reactive({
query.foo <- paste0('{"gene" : input$epiInput}')
con3$find(query = query.foo, limit = 100)
})
output$CancerGD <- renderDataTable({
data.for.table3()
})
# Automatically disconnect when connection is removed
rm(con0)
rm(con1)
rm(con2)
rm(con3)
gc()
}
shinyApp(ui, server)第一个预期的输出是一个应用程序，允许用户从基因和组织列表中进行查询。第二个预期输出是在适当的选项卡中显示查询结果(来自数据库发现的4个集合)。当前结果是一个没有查询功能的应用程序。
Stack Overflow用户
发布于 2019-06-27 21:56:22
我可以对代码做一些修改，现在我得到的错误/挂起是
“已导入0条记录。简化为数据帧...”
对错误的任何洞察都将是有帮助的。
对代码的改进如下：
(a) SidebarPanel
selectizeInput("epiInput","gene", choices=gg),
selectizeInput("cellInput","Tissue", choices=cc),(b)连接到MongoDB
con2 <- mongo(collection="fusions", db="discovery", url="mongodb://localhost:27017", verbose = TRUE)
fusResults <- reactive({
region <- list(gene = input$epiInput)
query.foo <- paste0('{ "gene" : "',region , '"}')
fs <- con2$find(query = query.foo, limit = 100)
return(fs)
})
output$fus_results <- renderDataTable({
fusResults()
})页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/56779063
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