为每个输入文件创建单独的输出文件
为每个输入文件创建单独的输出文件
提问于 2019-08-11 17:44:17
我使用KEGG的kofamscan来注释一堆fasta文件。我使用多个fasta文件来运行它，所以每当分析新文件时，输出文件都会被覆盖。我真的希望每个输入文件都有单独的输出文件(例如a.fasta -> a.txt；b.fasta -> b.txt等)。我尝试了以下方法，但似乎不起作用：
#!/bin/bash
#$ -S /bin/bash
#$ -cwd
#$ -pe def_slot 8
#$ -N coral_kofam
#$ -o stdout
#$ -e stderr
#$ -l os7
# perform kofam operation from file 1 to file 47
#$ -t 1-47:1
#$ -tc 10
#setting
source ~/.bash_profile
readarray -t files < kofam_files #input files
TASK_ID=$((SGE_TASK_ID - 1))
~/kofamscan/bin/exec_annotation -o kofam_out_[$TASK_ID].txt --tmp-dir $(mktemp -d) ${files[$TASK_ID]}下面的代码部分是我需要修改的地方(很明显，因为它现在对我不起作用)
-o kofam_out_[$TASK_ID].txt有谁能帮我解决这个问题吗？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2019-08-11 17:54:49
是否要使用$TASK_ID命名输出文件？
只需像这样将文件名放入kofam_out_${TASK_ID}.txt
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/57448932
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