问Gromacs:从区域中选择残留物
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Stack Overflow用户

提问于 2020-06-05 21:08:49

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我从事脂质和水结构的研究。我必须从脂质(组2)中选择每个低于4A的水(组1)。我使用了这个命令：

gmx select -f input.gro -s input.tpr -n input.ndx -select 'group 1 and within 0.4 of group 2' -on output.ndx

不幸的是，它做了工作，但程序选择了该区域的每个原子，留下了H或OH，这是我负担不起的。我本想通过添加-seltype whole_res_com来修复这个问题，但是输出值完全是胡说八道。另一种方法是选择脂相4A内的所有水残留物吗？提前感谢！

发布于 2020-06-07 00:29:31

gmx select -f input.gro -s input.tpr -n input.ndx -select‘第一组和与第二组’-on output.ndx‘0.4内相同的残留物

发现了。

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https://stackoverflow.com/questions/62216106

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