如何使用Cytoscape分析“一对多”数据值
我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。
例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的数据来构建交互网络。
但是，对于每个基因(节点)，我有多个数据值，例如对于基因X，我将拥有指示基因X与分析中所有其他基因之间的预测相互作用的数据值。我不清楚如何使用属性或其他Cytoscape特性将这种类型的“一对多”数据集转换为Cytoscape可以读取的格式。
我的目标是让一定数量的基因作为节点，用边将每个基因与任何其他预测相互作用的基因连接起来，就像Cytoscape和类似软件生成的规范基因相互作用分析图一样。
如果有人对如何正确使用“一对多”数据作为Cytoscape的输入有什么建议，请告诉我。
谢谢!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-06-04 22:47:21
Cytoscape可以在节点或边上支持多个属性。在您的例子中，听起来像是您有一个(例如)链接到其他几个节点的节点，并且该链接具有多个属性，因此如下所示：
源，目标，attr1，attr2 node1，节点2，0.1，0.2 node1，节点3，0.01，0.0 node1，节点4，0.5，0.0 node2，节点3，0，0.1 ...
或者，例如，如果您的值代表两个不同的关系或两个不同的方向，则可以将它们拆分：
源，目标，属性node1，节点2，0.1 node2，节点1，0.2 node1，节点3，0.01 node1，节点4，0.5 node3，节点2，0.1
请注意，我删除了值为0的边--您可能会这样做，也可能不会。Cytoscape的底层模型是一个多图，因此您可以在两个节点之间有任意多的边。
--滑板车
https://stackoverflow.com/questions/62154710
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