我正在尝试将一个numpy数组列表保存到磁盘上,这样我就不必每次都生成它,因为这需要一段时间。该列表包含大约230,000个numpy数组,每个numpy数组的维数为7xlength,其中每个数组的长度可以在~200-800之间变化。
我已经尝试过np.save,但是我得到一个错误消息“无法将输入数组从形状(7, 158 )广播到形状(7)”列表中第一个数组的长度是158,所以它在第一个列表项失败。我还尝试了np.savez,并首先使用np.asarray(listname)将数组列表转换为纯numpy数组,但我得到了相同的错误。
将此阵列列表保存到磁盘以便按需加载和使用的最佳方法是什么?
发布于 2020-07-09 11:18:17
包含在第二维不同的数组的列表:
In [118]: alist = [np.ones((2,3)), np.zeros((2,5)), np.arange(12).reshape(2,6)]
你的错误:
In [119]: np.array(alist, dtype=object)
---------------------------------------------------------------------------
ValueError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-119-357020ce4a02> in <module>
----> 1 np.array(alist, dtype=object)
ValueError: could not broadcast input array from shape (2,3) into shape (2)
制作对象数组的正确方法:
In [120]: arr = np.empty(3, object)
In [121]: arr[:] = alist
In [122]: arr
Out[122]:
array([array([[1., 1., 1.],
[1., 1., 1.]]),
array([[0., 0., 0., 0., 0.],
[0., 0., 0., 0., 0.]]),
array([[ 0, 1, 2, 3, 4, 5],
[ 6, 7, 8, 9, 10, 11]])], dtype=object)
save
的工作方式:
In [123]: np.save('test.npy', arr)
In [124]: ll test.npy
-rw-rw-r-- 1 paul 708 Jul 8 20:13 test.npy
savez
可以工作,但网络文件大小几乎相同:
In [125]: np.savez('test.npz', *arr)
In [126]: ll test.npz
-rw-rw-r-- 1 paul 972 Jul 8 20:13 test.npz
Why does numpy.save produce 100MB file for sys.getsizeof 0.33MB data?是一个例子,其中数组在第一维上是不同的。
基本点是np.save
编写了一个数组;它试图将列表输入到数组中。来自不同大小的数组的数组突破了numpy
的界限。最新的1.19版本开始警告我们这一点。
发布于 2020-07-09 09:41:37
(在看到一条评论已经提到在*yourlist
__中使用np.savez
后,我删除了这个答案,但为了提供一个如何再次读回数据的示例,我将其删除。)
import numpy as np
list1 = [np.zeros((3,3)), np.arange(5)]
np.savez("myfile.npz", *list1)
data = np.load("myfile.npz")
list2 = [data[k] for k in data]
print(list2)
提供:
[array([[ 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0.],
[ 0., 0., 0.]]), array([0, 1, 2, 3, 4])]
尽管使用类似字典的语法从data
中提取list2
,但不支持data.values()
--尽管data.items()
是有效的,因此您也可以这样做:
list2 = [v for k, v in data.items()]
根据实验,如果您在np.savez
上省略了.npz
后缀,那么它将被自动追加,但是如果您在np.load
上省略了后缀,那么将找不到该文件。
https://stackoverflow.com/questions/62805566
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