有条件地读取python中的文件内容
有条件地读取python中的文件内容
提问于 2022-01-30 19:06:54
我试图从蟒蛇的基因组文件中读取一个染色体序列。基因组文件的格式如下所示，但每条染色体都有更多的序列：
Chr1
ATCGTGTGATGGTGCGTAGATGCTGAT
GCTGATGTGTCGAGCGATGCTGAGTCG
Chr2
TGCGTGATGCTGAGCGATGCTGATGCT
TAGCTGACCACACACCTGTTTTGTAGG
Chr3
GGTTGGTTGGCGGACCACCATTACTAT
我使用下面的代码读取整个基因组序列。然而，我只想要一个染色体的序列(例如Chr2的整个序列)。与其阅读整个基因组，然后搜索Chr2的模式，我还有其他方法可以做到这一点吗？
谢谢
with open("genome.txt") as f:
for line in f:
genome.append(line.rstrip())回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-01-30 19:25:23
打开文件，逐行读取，直到找到“Chr2 2”为止。
使用所有非空行，直到到达EOF或以“Chr”开头的任何行为止。
def getgenomes(gfile):
g = []
for line in gfile:
if line.startswith('Chr'):
break
if (line := line.strip()):
g.append(line)
return g
with open('genome.txt', encoding='utf-8') as gfile:
genomes = None
for line in gfile:
if line.startswith('Chr2'):
genomes = getgenomes(gfile)
break
print(genomes)输出：
['TGCGTGATGCTGAGCGATGCTGATGCT', 'TAGCTGACCACACACCTGTTTTGTAGG']Stack Overflow用户
发布于 2022-01-30 19:26:32
Is_Chr2 = False
with open("genome.txt") as f:
for line in f:
if Is_Chr2: genome.append(line.rstrip())
if line.rstrip() == "Chr2": Is_Chr2 = True
else if line.rstrip()[:2] == "Chr" and Is_Chr2: break页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/70917980
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