Define_celltypes中的SPIAT包错误(formatted_image，表型= c("panCK+"，"CD8+"，无法找到函数"define_celltypes“)
Define_celltypes中的SPIAT包错误(formatted_image，表型= c("panCK+"，"CD8+"，无法找到函数"define_celltypes“)
提问于 2022-03-04 20:31:06
本文利用SPIAT软件包(https://cancer-evolution.github.io/SPIAT/articles/introduction.html)分析了人体组织标本中肿瘤和免疫细胞的空间分布模式。THe包确实很有用，但是在包提供的一个函数中，我得到了一个错误消息：“define_celltypes中的错误(formatted_image，显式= c("panCK+"，"CD8+”)，：未能找到函数"define_celltypes“)。
我尝试使用所谓的define_celltypes函数来指定每一种物候类型，该函数可以用来添加一个列来指示单元格类型。默认情况下，该列称为Cell.Type。表型与Cell.Type的区别在于表型代表了细胞上的所有标记，而Cell.Type是细胞的同一性。
下面是带有txt.file的代码和R文件。https://drive.google.com/drive/folders/1lX9Sprd3IDxz08AcJnZ7WT4UE96MWZCC?usp=sharing
你的帮助将是非常需要的！谢谢。
> phenotypes = c("panCK+", "CD8+", "FoxP3+", "CD163+", "PD_L1+")
> names = c("Tumour", "TILs", "Tregs", "Macrophages", "PD-L1+ cells")
> #SPIAT define_celltypes can be used to add a column indicating the cell type.
> #By default the column is called Cell.Type. The difference between Phenotype and Cell.
> #Type is that phenotype represents all the markers present on the cell but Cell.Type is the identity of the cell.
> formatted_image <- define_celltypes(formatted_image,
+ phenotypes = c("panCK+", "CD8+", "FoxP3+", "CD163+", "PD_L1+"),
+ names = c("Tumour", "TILs", "Tregs", "Macrophages", "PD-L1+ cells"),
+ column.name = "Cell.Type")
Error in define_celltypes(formatted_image, phenotypes = c("panCK+", "CD8+", :
could not find function "define_celltypes"```回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-04-04 06:58:31
谢谢你提出这个问题。我们的vignette版本似乎领先于软件包本身，这意味着define_celltypes还不可用。
然而，我们已经向生物导体提交了SPIAT的新版本(0.99.0)。不久，它将被纳入生物导体开发部门。当新版本和新功能可用时，我们将更新答案。
谢谢!
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https://stackoverflow.com/questions/71356937
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