具有p>>n和内存不足的随机林
具有p>>n和内存不足的随机林
提问于 2022-03-07 16:15:05
我试图用200 K的预测器和20行的数据对基因组数据进行随机森林分类。预测器已经被修剪，以便进行自相关。我尝试使用'ranger‘R包，但是它抱怨它不能分配164 to向量(我确实有32 to的RAM)。
- 是否有任何RF实现可以管理在可用内存中的分析(我希望避免增加交换空间)？
- 是否应该使用不同的算法(对于我所读到的，RF应该处理好p>>n)?
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-03-07 17:47:53
如果是基因组数据，有很多零吗？如果是这样的话，您可能可以使用Matrix包转换为稀疏矩阵。我相信ranger已经能够处理稀疏矩阵一段时间了，这可以很好地解决内存问题。
据我所知，ranger是可用于p >> n的数据集的最佳R随机森林包。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/71384035
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