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问apt安装不同版本的R
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Stack Overflow用户

提问于 2022-03-15 21:47:59

回答 2查看 566关注 0票数 0

摘要

当我在R映像中安装R库并试图使用另一个预先构建的坞映像访问这些库时，我收到了以下消息：

library("dplyr")

警告信息：软件包“dplyr”是在R版本4.1.2下构建的。

由于某些原因，我得到的R版本和我安装的R版本并不相同。有什么方法检查https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/focal-cran40/上的包裹吗？我要求的R版本4.0.4和安装版本4.1.2之间的差异是什么原因？

我试过的

在我的dockerfile中，我明确地定义了我的目标版本4.0.4。

RUN apt-get install -y r-base=4.0.4-1.2004.0 r-recommended=4.0.4-1.2004.0

当我验证我的R版本时，它确实显示了4.1.2：

Rscript -e 'R.Version()$version.string'

1 "R版本4.1.2 (2021-11-01)“

当我验证我的R安装时，它显示已经安装了4.0.4：

apt policy r-base

 r-base:  
  Installed: 4.0.4-1.2004.0  
  Candidate: 4.1.2-1.2004.0  
  Version table:  
     4.1.2-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.1.1-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.1.0-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.0.5-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
 *** 4.0.4-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
        100 /var/lib/dpkg/status  
     4.0.3-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.0.2-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.0.1-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     4.0.0-1.2004.0 500  
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages  
     3.6.3-2 500  
        500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages

复制步骤：

我从一个清晰的Ubuntu20.04图像开始。

docker run -it --entrypoint bash ubuntu:focal

我确定我是当前的，然后添加一些包。

apt-get update && apt-get upgrade -y
apt-get install -y --no-install-recommends software-properties-common dirmngr gdebi-core curl

tzdata在安装过程中需要一些信息(这可能是我怀疑的任何信息)：

1
1

添加r项目重新部署的签名密钥并添加回购。$(lsb_release -cs)决定“焦点”。

curl https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc > /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc  
add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

检查可用的r基包版本：

apt policy r-base

r-base:
  Installed: (none)
  Candidate: 4.1.3-1.2004.0
  Version table:
     4.1.3-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.1.2-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.1.1-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.1.0-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.5-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.4-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.3-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.2-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.1-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     4.0.0-1.2004.0 500
        500 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages
     3.6.3-2 500
        500 http://archive.ubuntu.com/ubuntu focal/universe amd64 Packages

安装R：

apt-get install -y r-base=4.0.4-1.2004.0 r-recommended=4.0.4-1.2004.0

检查已安装的版本：Rscript -e 'R.Version()$version.string'

1 "R版本4.1.3 (2022-03-10)“

我遗漏了什么？有没有可能是r-rpoject回购有问题？

谢谢你的投入！

docker

ubuntu

回答 2

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2022-03-16 17:05:22

正如德克Eddelbuettel所建议的，问题在于我如何安装软件包。

r-base和r-recommended是包含更多包的元包。元包可以按版本请求，但不要将请求的版本向下传播到它们的子包。

这意味着，如果您想安装特定版本的R，二进制文件将包含在r-base-core中。r-recommended和推荐的R base包也是如此，它们可以通过apt安装到/usr/lib/R/库中。

要安装所需的特定版本的R，可以将以下内容写入Dockerfile

ARG R_INSTALL_VERSION="4.0.4-1.2004.0"
RUN apt-get install -y  \
  r-base-core=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-base-html=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-doc-html=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-base-dev=${R_INSTALL_VERSION}

注意，这里排除了r-recommended，因为15个base包中有11个存在上述依赖问题。

如果需要这些包，可以通过apt policy <package-name>列出包的可用版本，并选择与请求的R版本兼容的版本。

此包版本不对应于R版本：

ARG R_INSTALL_VERSION="4.0.4-1.2004.0"
RUN apt-get install -y  \
  r-base-core=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-base-html=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-doc-html=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-base-dev=${R_INSTALL_VERSION} \
  r-cran-cluster=2.1.1-1.2004.0 \
  ...

票数 -1

Stack Overflow用户

发布于 2022-03-15 22:10:44

根据我上面的评论，这似乎很困惑。

您可以使用“PPA中的二进制文件是在一个更最新的版本下构建的”：是的，这是一个特性。如果您不想要当前的dplyr (通过当前的r-cran-dplyr)，那么就不要通过Michael添加PPA (您按照在自述中心步骤正确地做了这件事)。

断开，如果有，是，你似乎认为你指向那个PPA，以某种方式得到与任意选择的R版本相匹配的版本，这里是您的4.0.4。你不能，我们也不会说你可以。

我们通过其他Rutter的CRAN镜子提供的是

用于各种操作系统的当前版本的R，即Michael ( 4.0.3 )现在可以从我的Debian二进制文件中获得
对于LTS发行版，大约有5000个额外的CRAN二进制文件，但通常也是用大多数最新的R版本构建的--这就是为什么dplyr二进制文件最近表示它是在4.0.4下构建的。

总之，这不是一种时光机机制。

(为此，您可以查看RSPM构建，我有一个容器rocker/r-rspm:20.04可以使用RSPM，您可以尝试它们提供的日期索引支持。默认情况下，我不使用enable )。)

如果我误解了什么，请添加一个评论，并可能澄清以上。r-sig-debian列表也可用于更多后续工作。

编辑:根据评论中的讨论，我们现在更清楚了。OP只限制了一个包的集合，并期望apt会神奇地扩展。事情不是这样发生的。基于我所写的其他一些Dockerfile，我推荐一些类似于

    && apt-get install -t unstable -y --no-install-recommends \
            # ... some omitted ...
            r-base=${R_BASE_VERSION}-* \
            r-base-dev=${R_BASE_VERSION}-* \
            r-recommended=${R_BASE_VERSION}-* \
            # ... more lines omitted ...

这就是我在构建r-base容器时强制使用版本的方式。版本化的r-base-dev将引入版本化的r-base-core容器，您也可以显式地列出它。

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/71489404

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