Seurat对象的条件子设置
Seurat对象的条件子设置
提问于 2022-03-19 23:12:12
我有一个通过苏拉特运行的doubletFinder对象。我试图根据在seurat_object@meta.data[["DF.classifications_0.25_0.03_252"]]下被归类为“单体”的单元格对对象进行子集，并可以通过执行以下操作来实现这一点：
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = DF.classifications_0.25_0.03_252 == 'Singlet') #this approach works我想自动化这个过程，但是_0.25_0.03_252 of DF.classifications_0.25_0.03_252是基于计算的值，并且不会事先知道。我可以通过做以下几件事来弄清楚这是什么：
meta_data = colnames(seurat_object@meta.data)[grepl("DF.classification", colnames(seurat_object@meta.data))]其中meta_data = 'DF.classifications_0.25_0.03_252'和是一个字符类。
但是，当我尝试执行以下任何一项操作时：
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = meta_data == 'Singlet') #this approach does not recognize meta_data
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data$meta_data == 'Singlet') #this approach does not work
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data[[meta_data]] == 'Singlet') #this approach does not work我收到一个错误声明：
Error in FetchData(object = object, vars = unique(x = expr.char[vars.use]), :
None of the requested variables were found:
Calls: remove_doublets ... subset.Seurat -> WhichCells -> WhichCells.Seurat -> FetchData
Execution halted对于如何使用meta_data变量执行条件匹配，我感到困惑。有人知道我如何使子集过程自动化吗？在此之前，非常感谢您。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-07-06 18:03:54
@cer：
但我特别不明白为什么这个不起作用：
seurat_object <- subset(seurat_object, subset = seurat_object@meta.data[[meta_data]] == 'Singlet')
双括号中的名称应该是引号["meta_data"]，在meta.data data.frame中应该以列名的形式存在(至少我在自己的seurat obj中看到了这一点)。
谢谢你的回复！
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原文链接：
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