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无法安装OpenBabel软件包
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Stack Overflow用户
提问于 2022-04-07 18:58:23
回答 2查看 361关注 0票数 1

我正在构建一个python脚本,该脚本测试由我们的ML模型生成的蛋白质-配体对的结合亲和力作为正/负绑定注释。其中一个步骤需要从.SDF下载PubChem文件,为了为自动对接做好准备,需要将它们转换为.PDB文件。我找到的唯一真正的解决方案是使用OpenBabel来转换文件类型,但是我完全无法在我的计算机上安装这个包。无论是否下载了最新的包,每次输入pip install openbabel都会收到以下错误消息:

代码语言:javascript
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Installing collected packages: openbabel
  Running setup.py install for openbabel ... error
    ERROR: Command errored out with exit status 1:
     command: 'c:\users\chris\appdata\local\programs\python\python38\python.exe' -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\chris\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-pnt2eol5\\openbabel\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\chris\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-pnt2eol5\\openbabel\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record 'C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-record-enmjb591\install-record.txt' --single-version-externally-managed --compile
         cwd: C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-install-pnt2eol5\openbabel\
    Complete output (14 lines):
    running install
    running build_ext
    Warning: invalid version number '3.1.1.1'.
    Guessing Open Babel location:
    - include_dirs: ['c:\\users\\chris\\appdata\\local\\programs\\python\\python38\\include', 'c:\\users\\chris\\appdata\\local\\programs\\python\\python38\\include', '/usr/local/include/openbabel3']
    - library_dirs: ['c:\\users\\chris\\appdata\\local\\programs\\python\\python38\\libs', 'c:\\users\\chris\\appdata\\local\\programs\\python\\python38\\PCbuild\\amd64', '/usr/local/lib']
    building 'openbabel._openbabel' extension
    swigging openbabel\openbabel-python.i to openbabel\openbabel-python_wrap.cpp
    swig.exe -python -c++ -small -O -templatereduce -naturalvar -Ic:\users\chris\appdata\local\programs\python\python38\include -Ic:\users\chris\appdata\local\programs\python\python38\include -I/usr/local/include/openbabel3 -o openbabel\openbabel-python_wrap.cpp openbabel\openbabel-python.i

    Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?
    You may need to manually specify the location of Open Babel include and library directories. For example:
      python setup.py build_ext -I/usr/local/include/openbabel3 -L/usr/local/lib
      python setup.py install
    ----------------------------------------
ERROR: Command errored out with exit status 1: 'c:\users\chris\appdata\local\programs\python\python38\python.exe' -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'C:\\Users\\chris\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-pnt2eol5\\openbabel\\setup.py'"'"'; __file__='"'"'C:\\Users\\chris\\AppData\\Local\\Temp\\pip-install-pnt2eol5\\openbabel\\setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record 'C:\Users\chris\AppData\Local\Temp\pip-record-enmjb591\install-record.txt' --single-version-externally-managed --compile Check the logs for full command output.

我已经尝试自己编译程序,并使用conda安装程序,我仍然收到类似的错误。

EN

回答 2

Stack Overflow用户

发布于 2022-10-18 15:41:17

首先,确保安装了OpenBabel软件,然后从用于Python扩展包的Windows二进制文件下载方向盘。

票数 0
EN

Stack Overflow用户

发布于 2022-04-07 19:02:16

尝试使用以下命令

pip安装-受信任主机pypi.python.org -受信任主机files.pythonhosted.org -受信任主机pypi.org包名。请注意,以管理员身份运行此命令,或者如果您使用mac系统在此系统之前添加sudo命令

票数 -3
EN
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接:

https://stackoverflow.com/questions/71787601

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