问关于selectAll，有一个有效的API吗？

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我猜您使用的是RCy3，因为您提到了selectAll和API。如果您正在使用GUI或Python或其他东西，请指定。

使用RCy3，有两个相关的函数：selectAllNodes()和select AllEdges()。节点选择速度快。我在一秒钟内选择了5000多个节点。然而，边缘选择可能是缓慢的。我的样本网络有33万个边，这需要20秒的时间才能完成。

在函数代码中，我看到它正在使用CyREST API调用来更新表列(http://127.0.0.1:1234/v1/swaggerUI/swagger-ui/index.html?url=http://127.0.0.1:1234/v1/swagger.json#!/Tables/updateColumnValues;注意:您需要运行http://127.0.0.1:1234/v1/swaggerUI/swagger-ui/index.html?url=http://127.0.0.1:1234/v1/swagger.json#!/Tables/updateColumnValues;来查看这些Swagger )。然后，我测试了其他方法：

用于网络边缘的selection

• CyCommands API用于网络选择的
• CyREST API

这两件事都用了大约5秒的时间。明显更快！

我将更新实现代码，并在下一个版本的RCy3中发布(将在本月底由生物导体发布)。同时，您可以自己用R编写这个原始的CyCommands代码：

RCy3::commandsPOST('network select edgeList="all" nodeList="all" network="current"')

谢谢你的提问！