如何比较蛋白质序列以找到最接近的匹配
如何比较蛋白质序列以找到最接近的匹配
提问于 2022-04-21 15:32:02
我如何构建一个工具来帮助这个场景：
我在一个实验室工作，我们用质粒来表达重组蛋白。我们有一个数据库，其中包含了所有的质粒标识符和它们编码的蛋白质序列。
当需要一个新的蛋白质时，我希望能够输入新的所需的蛋白质序列，并在我们的数据库中搜索与该序列最接近的质粒，并获得最高的一致性评分。目的是使用该现有质粒，并将其作为新质粒的克隆模板。
换句话说，我想构建一个类似于NCBI blast的工具，它将在本地与SQL数据库中的专有序列一起工作。
Python能够做到这一点吗？
谢谢！
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-04-21 18:52:33
用makeblastdb创建自己的本地BLAST数据库怎么样？然后你可以使用这样的东西：
from Bio.Blast.Applications import NcbiblastnCommandline
run_command = NcbiblastnCommandline(query=YOUR_SEQUENCE_FASTA_PATH,
db=DATABASE_PATH,
out=RESULT_PATH,
outfmt=5,
[… other parameters …],
evalue=1e-10
)stdout, stderr = run_command()页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/71957115
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