snakemake:如何排序glob_wildcards()
snakemake:如何排序glob_wildcards()
提问于 2022-06-19 15:59:13
如何使用glob_wildcards()按字母顺序获取文件？
假设我在同一个目录中有sample1.txt、sample2.txt、sample3.txt和sample4.txt。当我运行这段代码时：
file_pattern = 'dir_test/{sample}.txt'
FILES = glob_wildcards(file_pattern)
SAMPLES = FILES.sample
rule all:
input:
expand(file_pattern, sample=SAMPLES),
"concat.txt"
rule concat:
input:
expand("dir_test/{sample}.txt", sample=SAMPLES),
output:
"concat.txt"
shell:
"""
cat {input} > {output}
"""我得到的glob_wildcards()结果是任意的，如下所示：
$ cat concat.txt
This is Sample4
This is Sample1
This is Sample2
This is Sample3回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-06-20 13:29:58
你有没有尝试过这样的方法：
SAMPLES = sorted(list(FILES.sample))(不确定list()是否是必要的)。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/72678373
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