按照正确的顺序排列染色体列表
按照正确的顺序排列染色体列表
提问于 2022-06-29 12:02:44
一个看似简单的问题，但事实证明，这个问题有点令人烦恼。我有一份染色体清单(有23条染色体--第1至21号染色体，然后是X染色体和Y染色体)如下：
['chr11','chr14','chr16','chr13','chr4','chr13','chr2','chr1','chr2','chr3','chr14','chrX',]
我想按以下顺序对此进行排序：
['chr1', 'chr2','chr2','chr3','chr4','chr11','chr13','chr13', 'chr14','chr14','chr16','chrX']
然而，由于python的sort的词汇学性质，它将排序chr1, chr10, chr11, chr12...chr2,等，因为我有X染色体，按它们的整数值排序似乎也不是一种选择。我是否需要指定一个唯一的键来对列表进行排序？或者有什么明显的解决方案我错过了。
回答 4
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-06-29 12:07:34
您可以使用natsorted，您想要的毕竟是自然排序;)
l = ['chr11','chr14','chr16','chr13','chr4','chr13','chr2',
'chr1','chr2','chr3','chr14','chrX','chrY']
from natsort import natsorted
out = natsorted(l)产出：
['chr1', 'chr2', 'chr2', 'chr3', 'chr4', 'chr11', 'chr13',
'chr13', 'chr14', 'chr14', 'chr16', 'chrX', 'chrY']Stack Overflow用户
发布于 2022-06-29 12:19:20
您可以创建一个自定义键：
key={s:i for i,s in
enumerate([f'chr{x}' for x in list(range(1,22))+['X','Y']],1)}
>>> key
{'chr1': 1, 'chr2': 2, 'chr3': 3, 'chr4': 4, 'chr5': 5, 'chr6': 6, 'chr7': 7, 'chr8': 8, 'chr9': 9, 'chr10': 10, 'chr11': 11, 'chr12': 12, 'chr13': 13, 'chr14': 14, 'chr15': 15, 'chr16': 16, 'chr17': 17, 'chr18': 18, 'chr19': 19, 'chr20': 20, 'chr21': 21, 'chrX': 22, 'chrY': 23}然后在sorted中使用该键作为查找
li = ['chr11','chr14','chr16','chr13','chr4','chr13','chr2',
'chr1','chr2','chr3','chr14','chrX','chrY']
>>> sorted(li, key=lambda s: key[s])
['chr1', 'chr2', 'chr2', 'chr3', 'chr4', 'chr11', 'chr13', 'chr13', 'chr14', 'chr14', 'chr16', 'chrX', 'chrY']或者，您可以使用正则表达式进行自然排序，以解析出数字：
import re
sli=sorted(li, key=lambda e:
[int(s) if s.isdigit() else s for s in re.findall(r'\d+|\D+', e)])
>>> sli
['chr1', 'chr2', 'chr2', 'chr3', 'chr4', 'chr11', 'chr13', 'chr13', 'chr14', 'chr14', 'chr16', 'chrX', 'chrY']这个自定义键的速度要快得多--如果你有数十亿的数据要排序的话，就用它吧。
Stack Overflow用户
发布于 2022-06-29 12:20:34
正如@mozway已经提到的那样，nat排序是最快的方式。
这里的解决方案不需要使用外部库。
sorted(l, key=lambda x: int(val) if (val:=x[3:]).isnumeric() else ord(val))它给出了同样的输出。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/72801110
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