我正在做一个实验,测量网络中蛋白质对之间的相互作用。我也有一个积极和消极的对照,以显示“最少”和“最多”的相互作用量,蛋白质可能有可能。
我想做一个网络模型,但是我不确定如何用数值数据来显示交互的强度。例如,如果阳性对照有"50“和负控制"5”(我使用Miller单位),那么如何使用颜色梯度来显示我正在研究的蛋白质-蛋白质相互作用的强度。
这个链接“在网络上可视化表达式数据”会是一个合适的协议吗?https://cytoscape.org/cytoscape-tutorials/protocols/basic-data-visualization/#/3
提前感谢您的帮助。
发布于 2022-07-14 14:19:46
我的建议是在你的边缘使用一个单尾梯度--可能使用Viridis调色板或ColorBrewer序列。我可能也会用一个宽度梯度来强调相互作用的强度。
-滑板车
https://stackoverflow.com/questions/72940603
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