有没有办法让苏拉不过滤掉感兴趣的基因？
有没有办法让苏拉不过滤掉感兴趣的基因？
提问于 2022-08-12 08:35:13
我试图确定某些基因在Seurat上的表达，但我认为Seurat正在筛选出这些基因。是否有办法调整参数以获得我所提供的集群中感兴趣的基因？谢谢。
这是我的参数
#Jurkat
Jurkat.data <- Read10X(data.dir = "C:/Users/cash/Desktop/scRNASeq analysis/Jurkat filtered_feature_bc_matrix/")
JLat.data <- Read10X(data.dir = "D:/scRNASeq PseudoGenome Analysis/JLatPseudo filtered_feature_bc_matrix/")
JLatInduced.data <- Read10X(data.dir = "D:/scRNASeq PseudoGenome Analysis/JLatInducedPseudo filtered_feature_bc_matrix/")
# Set up control object
ctrl <- CreateSeuratObject(counts = JLat.data, project = "JLAT_CTRL", min.cells = 5)
ctrl$stim <- "CTRL"
ctrl <- subset(ctrl, subset = nFeature_RNA > 300)
ctrl <- NormalizeData(ctrl, verbose = FALSE)
ctrl <- FindVariableFeatures(ctrl, selection.method = "vst", nfeatures = 2000)code here回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-09-13 16:18:47
FindVariableFeatures函数不过滤基因，它只是选择数据集中变量最大的基因(不管聚类是什么)，来通知聚类并规范所有其他基因。即使你感兴趣的基因没有出现在可变基因中，但这并不意味着它会被移除。
当你完成整个分析到UMAP阶段并绘制一个DimPlot或Vlnplot时，你能看到你感兴趣的基因吗？我相信你应该能.
此外，作为一条建议，我建议使用sctTransform方法进行规范化。详情请参见这里。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/73331405
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
