问用定义的细胞群绘制X轴上基因的小提琴图
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Stack Overflow用户

提问于 2022-10-01 23:07:46

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我想问一个问题，在寻找了一段时间，但没有找到答案。这与单细胞RNA测序数据分析有关.

是否有可能创造一个小提琴图，在X轴上有基因，Y轴上有归一化表达，而不是X轴上的簇或细胞类型，Y轴上有基因，而选择分析的细胞是用户定义的？

例如，假设我有500个细胞型"A“，它们表达的遗传特征大致相似，但有几个基因是可变表达的。我能把基因表达想象成这500个细胞的小提琴图吗?基因位于X轴上，而不是每个基因的小提琴作图，因为我只看一种细胞类型？

谢谢你在这个问题上的任何想法！我也查看了scCustomize包，没有发现任何跳出我的任何东西，但这是完全合理的，我可能错过了一些东西！

回答已采纳

发布于 2022-10-03 02:17:46

我将检查R编程语言，使用程序Rstudio和Seurat包。他们有大量的教程，可以帮助有任何编码背景的人。https://satijalab.org/seurat/articles/pbmc3k_tutorial.html网站上还有其他精彩的小插曲。

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/73922314

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