巨蟒dna序列的逆转与互补
巨蟒dna序列的逆转与互补
提问于 2022-10-06 21:02:56
当运行我的代码时，控制台告诉我我有一个AttributeError。
AttributeError：“列表”对象没有属性“替换”
我能做什么来解决我的问题？
(
- reverse_complement( )
下一步是编写一个名为reverse_complement的函数，该函数接受一个参数seq。参数seq是一个字符串，包含DNA序列碱基的信息，并返回该DNA序列的反向补充。
为了确定反向补体，需要(1)反转和(2)补充DNA序列。
反转字符串的一种方法是使用::-1的切片值。
reversed_seq = seq::-1
要补充DNA序列，就要替换所有的：
所有A都是T的
所有的T都有A
所有C都有G
所有G都有C
补充DNA序列的一种方法是使用内置的Python函数来替换( )。但是，这种方法要求您要聪明才能使它正常工作。
另一种补充DNA序列的方法是循环遍历DNA序列中的所有字符，并使用if语句检查不同的碱基，然后使用级联来使用每个碱基的补语构建一个新的字符串。
def reverse_complement(seq):
'''This function will reverse and then complement the given dna sequence.'''
revSeq = seq[::-1]
revSeq = revSeq.replace("A", "x")
revSeq = revSeq.replace("T", "y")
revSeq = revSeq.replace("G", "z")
revSeq = revSeq.replace("C", "w")
revSeq = revSeq.replace("x", "T")
revSeq = revSeq.replace("y", "A")
revSeq = revSeq.replace("z", "C")
revSeq = revSeq.replace("w", "G")
print(revSeq)
return revSeq
# Tests for reverse_complement function. Should print True.
print ("\nreverse_complement")
print (reverse_complement('ATGCTTG') == 'CAAGCAT')
print (reverse_complement('AAAGGG') == 'CCCTTT')
print (reverse_complement('TTTCCC') == 'GGGAAA')
print (reverse_complement('ATCGATCAGTCCTAGCATCG') == 'CGATGCTAGGACTGATCGAT')我的测试用例说它们是真的，但我仍然得到AttributeError。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2022-10-06 21:22:36
您可以使用(非常少的) python序列内置，如map和reversed。最后，用str.join重新构建字符串。
s = 'ATCGATCAGTCCTAGCATCG'
def complement(c):
if c == 'A': return 'T'
if c == 'T': return 'A'
if c == 'C': return 'G'
if c == 'G': return 'C'
return c
''.join(map(complement, reversed(s))) #'CGATGCTAGGACTGATCGAT'实际上，python有一个(几乎被遗忘的)内置的str.translate，它就是这样做的！
s = 'ATCGATCAGTCCTAGCATCG'
s[::-1].translate(str.maketrans('ATCG','TAGC')) #'CGATGCTAGGACTGATCGAT'你一定要喜欢蟒蛇。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/73979995
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