使用具有特定ID的文件将另一个文件中的数据提取为单独的文件，然后使用它们获取值。
使用具有特定ID的文件将另一个文件中的数据提取为单独的文件，然后使用它们获取值。
提问于 2022-11-14 14:58:04
我有一个文件中列出了一些ID，如下所示：
id1
id2
id3
etc我希望使用这些ID从文件中提取数据(每个文件中都有ID)，并将每个ID的输出保存到单独的文件中(ID是蛋白质家族名称，我希望从特定家族获取每个蛋白质)。而且，当我有每个蛋白质的名称时，我想用这个名称来获取这些蛋白质(以.fasta格式)，这样它们就会按其家族分组(它们将留在同一组中)。
因此，我尝试这样做(我知道它会将所有I转储到一个文件中)：
#! /bin/bash
for file in *out
do grep -n -E 'id1|id2|id3' /directory/$file >> output; done我将感谢任何帮助，如果不是一切都清楚的话，我会很乐意说明的。
编辑:我会尽力澄清，抱歉给您带来不便：
因此，有一个名为"pfamacc“的文件，其内容如下：
PF12312
PF43555
PF34923依此类推--这些是我访问其他文件所需要的ID，这些文件的结构类似于"something_something.faa.out“。
<acc_number> <aligment_start> <aligment_end> <pfam_acc>
RXOOOA 5 250 PF12312
OC2144 6 200 PF34923我需要这些连接号，这样我就可以从如下文件中获得蛋白质序列：
>RXOOOA
ASDBSADBASDGHH
>OC2144
SADHHASDASDCJHWINF回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2022-11-14 16:34:16
假设在同一个目录中有一个包含后续内容的文件ids_file.txt：
id1
id2
id3
id4在同一个目录中还有一个名为id1的文件，其内容如下：
Bla bla bla
id1
and id2
is
here id4那么这个脚本可能会有帮助：
#!/bin/sh
IDS=$(cat ids_file.txt)
IDS_IN_ONE=$(cat ids_file.txt | tr '\n' '|' | sed -r 's/(\|)?\|$//')
echo $IDS_IN_ONE
for file in $IDS; do
grep -n -E "$IDS_IN_ONE" ./$file >> output
done然后，文件output有以下结果：
2:id1
3:and id2
5:here id4Stack Overflow用户
发布于 2022-11-18 18:07:41
阅读一个列表需要相互参照才能得到第二个列表，然后需要用来收集FASTA。
从以下三个文件开始..。
starting_values.txt
PF12312
PF43555
PF34923cross_reference.txt
<acc_number> <aligment_start> <aligment_end> <pfam_acc>
RXOOOA 5 250 PF12312
OC2144 6 200 PF34923find_from_file.fasta
>RXOOOA
ASDBSADBASDGHH
>OC2144
SADHHASDASDCJHWINF
SADHHASDASDCJHWINF
>NC11111
IURJCNKAERJKADSFfor i in `cat starting_values.txt`; do awk -v var=$i 'var==$4 {print $1}' cross_reference.txt; done > needed_accessions.txt如果多行FASTA更改为单行。https://www.biostars.org/p/9262/
awk '/^>/ {printf("\n%s\n",$0);next; } { printf("%s",$0);} END {printf("\n");}' find_from_file.fasta > find_from_file.tempfor i in `cat needed_accessions.txt`; do grep -A 1 "$i" find_from_file.temp; done > found_sequences.fasta最后输出..。
found_sequences.fasta
>RXOOOA
ASDBSADBASDGHH
>OC2144
SADHHASDASDCJHWINFSADHHASDASDCJHWINF页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/74433625
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