如何检索R中线粒体基因组的编码序列？
如何检索R中线粒体基因组的编码序列？
提问于 2022-11-21 19:34:41
我想下载近400个有丝分裂体的编码序列。我试过使用生物艺术R包的getCDSSet()。但它显示了以下错误。
getCDSSet( db = "genbank",
organism = genbank_ID,
reference = FALSE,
path = file.path("_/CDS"))错误:包含所有物种的检索信息的摘要文件(可用作出版物中的补充信息文件)已存储在‘C:/Users/DELL/CDS_ all .
清洗文件名以便于下游处理..。错误:一些meta.retrieval()输出文件似乎不存在。请提供meta.retrieval()输出文件的有效文件路径。此外:警告消息: 1:在stri_replace_all_regex(字符串，模式，fix_replacement(替换)，：参数不是原子向量；胁迫2:在stri_replace_all_regex(字符串，模式，fix_replacement(替换))中，：参数不是原子向量；胁迫
对于'organim‘这一论点，我使用了genbank登录ids的向量: c("MK953813“、"AM889139”、"FJ752436“、"KF951091")。
如能提供帮助，将不胜感激。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2022-11-25 18:02:27
你进入基因登录id作为有机体，你需要找到你的有机体的分类法。例如，有机物= "9606“(智人分类法)或在这里搜索生物名以获得id Accipiter trivirgatus
path参数应该是存储数据的文件夹的位置。如果保留默认值，则应在工作目录中创建文件夹，或指定文件夹的完整路径。
getCDSSet(db = "genbank",
organism = "210844",
reference = FALSE,
path = "myCDS")页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/74524066
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