问未从UCSC装载mm10的R上的GVIZ
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Stack Overflow用户

提问于 2021-10-05 01:50:26

回答 1查看 163关注 0票数 0

> sessionInfo()
R version 4.1.0 (2021-05-18)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Big Sur 11.6

我正试图在GVIZ上加载mm10小鼠基因组的表意图轨迹。这过去一直有效，但现在给了我以下错误：

> itrack <- IdeogramTrack(genome = "mm10", chromosome = "chr5")

value3L错误:在UCSC，似乎没有任何染色体长度数据可用于基因组'mm10‘，或者服务暂时停止。此外:警告信息:在value3L :似乎没有任何细胞带数据，基因组'mm10‘在UCSC或服务暂时停止。试图获取染色体长度数据.

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2021-10-05 02:57:09

一种解决方案是更新R并通过生物导体重新安装Gviz：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Gviz")
library(Gviz)
itrack <- IdeogramTrack(genome = "mm10", chromosome = "chr5")

票数 1

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/69444065

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