MD分析中单个原子的电荷，每环
MD分析中单个原子的电荷，每环
提问于 2021-08-09 23:41:32
我一直试图利用某一特定离子的部分电荷来进行mdanalysis中的计算。我已经尝试过了(这只是我知道正在抛出错误的代码的一个片段)：
Cl = u.select_atoms('resname CLA and prop z <= 79.14')
Lz = 79.14 #Determined from system set-up
Q_sum = 0
COM = 38.42979431152344 #Determined from VMD
file_object1 = open(fors, 'a')
print(dcd, file = file_object1)
for ts in u.trajectory[200:]:
frame = u.trajectory.frame
time = u.trajectory.time
for coord in Cl.positions:
q= Cl.total_charge(Cl.position[coord][2])
coords = coord - (Lz/COM)
q_prof = q * (coords + (Lz / 2)) / Lz
Q_sum = Q_sum + q_prof
print(q)但我一直收到一个与此相关的错误。
我将如何选择这个特定的原子，因为它通过循环得到它在MD分析中的电荷？在我将q设置为等于一个常量之前，代码运行得很好，所以我知道只有这一行才会抛出错误：
Q= Cl.total_charge(Cl.positioncoord)
谢谢你的帮助！
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-12-16 03:23:43
我想出来了：
def Q_code(dcd, topo):
Lz = u.dimensions[2]
Q_sum = 0
count = 0
CLAs = u.select_atoms('segid IONS or segid PROA or segid PROB or segid MEMB')
ini_frames = -200
n_frames = len(u.trajectory[ini_frames:])
for ts in u.trajectory[ini_frames:]:
count += 1
membrane = u.select_atoms('segid PROA or segid PROB or segid MEMB')
COM = membrane.atoms.center_of_mass()[2]
q_prof = CLAs.atoms.charges * (CLAs.positions[:,2] + (Lz/2 - COM))/Lz
Q_instant = np.sum(q_prof)
Q_sum += Q_instant
Q_av = Q_sum / n_frames
with open('Q_av.txt', 'a') as f:
print('The Q_av for {} is {}'.format(s, Q_av), file = f)
return Q_av页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/68719626
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