如何在EC2实例的坞内使用AWS批处理(SLURM)？
如何在EC2实例的坞内使用AWS批处理(SLURM)？
提问于 2021-05-04 09:26:51
我试图让OpenFOAM使用AWS parallelCluster在AWS EC2集群上运行。
一种可能是编译OpenFOAM。另一种方法是使用码头集装箱。我正试着让第二个选择去工作。
然而，我在理解如何安排各种操作时遇到了麻烦。基本上我需要的是：
- 将OpenFOAM案例从S3复制到主节点上的FSx文件系统
- 运行包含OpenFOAM的码头容器
- 执行OpenFOAM操作，其中一些操作使用集群(并行运行计算是最重要的)
我想把所有这些都写进脚本中，让它可以复制。但是我想知道我应该如何将脚本构建在一起，让SLURM来处理并行的事情。
我目前的问题是，主节点shell知道命令(例如S批处理)，但是当我启动docker来访问OpenFOAM命令时，它“忘记”了批处理命令。
如何导出与SLURM相关的所有命令(S批处理，.)很容易对接吗？这是处理问题的正确方法吗？
谢谢你的支持
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2021-05-05 11:54:48
对于第一个选项，有一个研讨会带您通过：cfd-on-p集群。
对于第二个选项，我创建了一个使用HPC容器运行时容器-p-p集群的容器车间。
我加入了一个关于GROMACS的部分，但是我也很高兴添加OpenFOAM。我使用斯派克创建容器映像。虽然我只记录了单节点运行，但我们肯定可以添加多节点运行。
通过s批处理运行Docker不会给您带来多大的帮助，而b/c码头并不是一个用户土地运行时。欲了解更多信息：FOSDEM21谈高性能混凝土中的容器
干杯
Christian (完全披露: AWS开发人员倡导HPC/批处理)
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/67382095
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