如何解释nCount_RNA对象中的十进制值
如何解释nCount_RNA对象中的十进制值
提问于 2021-03-14 01:24:27
我的数据集很奇怪。当我创建Seurat对象并为它加载元数据时，nCount_RNA中的所有值都是十进制值，而不是整数。我该怎么解释呢？数据本身是否有问题，或者我可以做些什么来解决这个问题？我之所以这样问是因为在后面的分析中，函数似乎找不到nCount_RNA对象，我相信十进制值是原因所在。
下面是我用来创建这个对象的代码：
#Loading in the data ----------------------------------------------------------
filePaths = getGEOSuppFiles("GSE124395")
tarF <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "*.tar", full.names = TRUE)
untar(tarF, exdir = "./GSE124395/")
gzipF <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "*.gz", full.names = TRUE)
ldply(.data = gzipF, .fun = gunzip)
# Creating the matrix -----------------------------------------------------------
P301_3_matrix <- read.delim(file = './GSE124395//GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv')
P301_3_matrix <- data.frame(P301_3_matrix[,-1], row.names=P301_3_matrix[,1])
P301_3_matrix <- as.matrix(P301_3_matrix) #<- makes the excel file into a matrix
P301_3_colname <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt', header = FALSE, row.names = 1)
P301_3_colname <- data.frame(P301_3_colname[,-1], col=P301_3_colname[,1])
P301_3_colname <- as.matrix(P301_3_colname)
colnames(P301_3_matrix) <- P301_3_colname[,1]
colnames(P301_3_matrix) <- paste(colnames(P301_3_matrix), "CryoMixed11", sep = "_")
P301_3_pdat <- data.frame("samples" = colnames(P301_3_matrix), "treatment" = "CryoMixed")
#Creating the Seurat object ----------------------------------------------------
sobj<- CreateSeuratObject(counts = P301_3_matrix, min.cells = 0, min.features=1, project = "Liver_Cell_Atlas")
sobj <- saveRDS(sobj,file="JoinedMatrixNoFilters.rds")希望这不是太含糊，谢谢你的阅读！
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2021-03-20 13:53:19
在您读取的文件中，它以某种方式被规范化，并且肯定不是计数数据：
P301_3_matrix = read.delim('GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv.gz',row.names=1)
head(colSums(P301_3_matrix))
X1 X2 X3 X4 X5 X6
205.2744 22457.6142 1232.4626 14193.6406 15372.4642 18808.8838 如果您阅读处理细节，它会写道：
根据二项分布统计，观察到的UMIs数量被转换为记录计数(Grün等人，2014年)
因此，您很可能需要向作者询问计数表，或者简单地将其转换为整数，然后继续进行，希望没有出错。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66620204
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