来自phyloseq对象的OTU表不能强制进入数据帧
来自phyloseq对象的OTU表不能强制进入数据帧
提问于 2021-03-09 05:41:36
我需要将我的OTU表从我的phyloseq对象转换成一个数据框架，这样我就可以使用它来运行PICRUSt2，但是as.data.frame(physeq@otu_table)不会使它成为一个数据框架。我尝试了pie<-as.matrix(physeq@otu_table)，当我说is.matrix(pie) #it says TRUE时，但是当我说class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"时，它甚至不会假装是一个数据框架：
pie<-as.data.frame(physeq@otu_table)
is.data.frame(pie)
#FALSE我不能只使用我的asv_mat之前，我把它放入系统对象，因为我必须删除线粒体和叶绿体从我的系统物体。这仍将出现在asv_mat中。
提前感谢
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2021-03-09 17:06:53
pie<-as.matrix(physeq@otu_table)
pie<-as.data.frame(pie)使其成为一个矩阵，然后将其保存为数据格式，并记住将原始矩阵保存为数据帧(即pie<-as.data.frame(pie)而不仅仅是as.data.frame(pie))。
Stack Overflow用户
发布于 2021-03-09 08:33:30
对不起，我没有足够的信息来正确地帮助您，但是您是否尝试过使用tidyverse包中的as_tibble()而不是as_dataframe()呢？
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/66541417
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