R中系统发育重建中的混合数据划分
R中系统发育重建中的混合数据划分
提问于 2021-02-01 13:43:53
我们有两个矩阵，一个是DNA序列比对，另一个是二进制字符。
dna <- matrix(c("a", "a", "a", "t", "a", "a",
"t", "t", "a", "g", "c", "c"),
ncol = 4, dimnames = list(LETTERS[1:3], NULL))
bi <- matrix(c(0,0,1,0,1,1,1,0,0,1,0,0),
ncol = 4, dimnames = list(LETTERS[1:3], NULL))我们可以用phangorn软件包重建系统发育关系：
library(phangorn)
dnatr <- optim.pml(pml(tree = rtree(3, tip.label = LETTERS[1:3]),
data = phyDat(dna)),
optNni = TRUE)
bitr <- optim.pml(pml(tree = rtree(3, tip.label = LETTERS[1:3]),
data = phyDat(bi, type= "USER", levels = c(0,1))),
optNni = TRUE)函数phangorn::pmlPart应该运行分区分析，但它不结合分区中的系统发育信息来重建单个系统发育。
tr = pmlPart(~ edge + nni, object = list(dnatr, bitr))如何设置使用混合数据类型(DNA序列和二进制字符)的分区分析？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2021-02-04 15:59:05
您就快到了，下面的代码应该可以工作：
tr = pmlPart(edge + nni ~ . , object = list(dnatr, bitr))遗憾的是，关于CRAN的文档有点过时。请确保您已经安装了github (remotes::install_github("KlausVigo/phangorn"))的最新开发版本的phangorn。
PS:对于树的重排，你至少需要4个提示，所以你的例子将忽略nni项。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/65993777
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
