Python HDF5属性
我正在尝试将度量属性保存在HDF5文件中。我花了很多时间处理格式化文件，在这些文件中，单个属性条目中似乎有一组数据类型不同的属性。
例如，对于我的文件，命令
f = h5py.File('test.data','r+')
f['Measurement/Surface'].attrs['X Converter']产生
array([(b'LateralCat', b'Pixels', array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ]))],
dtype=[('Category', 'O'), ('BaseUnit', 'O'), ('Parameters', 'O')])在这里，前两个条目是字符串，第三个条目是数组。现在，如果我试图将值保存到另一个文件中：
f1 = h5py.File('test_output.data','r+')
f1['Measurement/Surface'].attrs.create('X Converter',[(b'LateralCat', b'Pixels', np.array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ]))])我知道这个错误：
跟踪(最近一次调用)：文件""，第1行，在F1‘度量衡/表面’.atts.create(‘X转换器’，[(b‘’LateralCat‘，b’‘Pixels’，np.array(0 )。，2.00097752，0。，0。)])文件"C:\WinPython\WinPython-64bit-3.6.3.0Zero\python-3.6.3.amd64\lib\site-packages\h5py_hl\attrs.py"，第171行，在create = h5t.py_create(original_dtype，logical=True)文件"h5py\h5t.pyx“中，第1611行，在h5py.h5t.py_create文件"h5py\h5t.pyx”中，第1633行，在h5py.h5t.py_create文件"h5py\h5t.pyx“中，第1688行，在h5py.h5t.py_create TypeError中: Object dtype dtype('O')没有本机HDF5等效
我遗漏了什么？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-12-28 16:53:47
你不是在拯救同样的东西。原始的dtype是重要的。
In [101]: [(b'LateralCat', b'Pixels', np.array([0. , 2.00097752, 0. ,
...: 0. ]))]
Out[101]:
[(b'LateralCat',
b'Pixels',
array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ]))]
In [102]: np.array(_)
<ipython-input-102-7a2cd91c32ca>:1: VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested sequences (which is a list-or-tuple of lists-or-tuples-or ndarrays with different lengths or shapes) is deprecated. If you meant to do this, you must specify 'dtype=object' when creating the ndarray
np.array(_)
Out[102]:
array([[b'LateralCat', b'Pixels',
array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ])]],
dtype=object)
In [104]: np.array([(b'LateralCat', b'Pixels', np.array([0. , 2.00097752, 0.
...: , 0. ]))],
...: dtype=[('Category', 'O'), ('BaseUnit', 'O'), ('Parameters', 'O')])
Out[104]:
array([(b'LateralCat', b'Pixels', array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ]))],
dtype=[('Category', 'O'), ('BaseUnit', 'O'), ('Parameters', 'O')])
In [105]: x = _
In [106]: x.dtype
Out[106]: dtype([('Category', 'O'), ('BaseUnit', 'O'), ('Parameters', 'O')])
In [108]: x['Category']
Out[108]: array([b'LateralCat'], dtype=object)
In [109]: x['BaseUnit']
Out[109]: array([b'Pixels'], dtype=object)
In [110]: x['Parameters']
Out[110]:
array([array([0. , 2.00097752, 0. , 0. ])],
dtype=object)尽管这并不能很好地解决这个问题，因为dtype仍然包含对象dtype字段。
In [111]: import h5py
In [112]: f=h5py.File('test.h5','w')
In [113]:
In [113]: g = f.create_group('test')
In [114]: g.attrs.create('converter',x)
Traceback (most recent call last):
...
TypeError: Object dtype dtype('O') has no native HDF5 equivalent正如注释中所指出的，numpy对象dtype在写入h5py时是有问题的。你知道原始文件是如何创建的吗？可能存在一些格式或结构，h5py将其呈现为带有对象字段的复合dtype，但不能直接写。为了了解更多信息，我必须深入了解更多的文档(可能还有原始文件)。
https://docs.h5py.org/en/stable/special.html
我可以将这些数据写成一个更传统的结构化数组：
In [120]: y=np.array([(b'LateralCat', b'Pixels', np.array([0. , 2.00097752,
...: 0. , 0. ]))],
...: dtype=[('Category', 'S20'), ('BaseUnit', 'S20'), ('Parameters', 'fl
...: oat',4)])
In [121]: y
Out[121]:
array([(b'LateralCat', b'Pixels', [0. , 2.00097752, 0. , 0. ])],
dtype=[('Category', 'S20'), ('BaseUnit', 'S20'), ('Parameters', '<f8', (4,))])
In [122]: g.attrs.create('converter',y)
In [125]: g.attrs['converter']
Out[125]:
array([(b'LateralCat', b'Pixels', [0. , 2.00097752, 0. , 0. ])],
dtype=[('Category', 'S20'), ('BaseUnit', 'S20'), ('Parameters', '<f8', (4,))])https://stackoverflow.com/questions/65480393
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