( R) Counts.csv.gz文件到Seurat对象
( R) Counts.csv.gz文件到Seurat对象
提问于 2020-10-23 03:09:24
我通常将过滤后的特征bc矩阵(包括barcodes.tsv.gz、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz文件)通过Read10X函数导入到R环境中，并通过CreateSeuratObject函数将数据转换为Seurat对象。
但是，我发现一些公开可用的处理scRNA-seq data仅以counts.csv.gz文件的格式共享。因此，我试图通过以下命令将counts.csv.gz文件转换为Seurat对象；
countsData <- read.delm(file=“~path/ Tumor2 1_COUNT.csv.gz "，header = TRUE，sep =”，") Tumor2<-CreateSeuratObject(计数= countsData，project = "Tumor2"，min.cells = 3，min.features = 200)
但是，发生了以下错误。
CreateAssayObject中的错误(计数=计数，min.cells = min.cells，min.features = min.features)：输入矩阵中没有特征名(行名)
下面是如下所示的counts.csv文件。我该如何解决这个问题？
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-10-23 05:13:48
首先，计数矩阵作为CreateSeuratObject()的输入，应该有列中的单元格和行中的特性。似乎您应该使用t()来使用行名来转换导入的计数。
我建议你这样做：
countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv", header = TRUE, row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData), project = "Tumor2", min.cells = 3, min.features = 200)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/64493316
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