用snakemake创建具有bwa和gatk的参考基因组索引
用snakemake创建具有bwa和gatk的参考基因组索引
提问于 2020-10-23 11:51:00
我用bwa对齐读取，用gatk调用变体。gatk需要为参考基因组创建一个dict，bwa需要创建索引。当我对它们都使用触摸时，我会得到以下错误：
AmbiguousRuleException:
Rules bwa_index and gatk_refdict are ambiguous for the file ref.
Expected input files:
bwa_index: ref.fasta
gatk_refdict: ref.fasta这是代码：
rule bwa_index:
input:
database="ref.fasta"
output:
done =touch("ref")
shell:
"""
bwa index -p ref {input.database}
"""
rule bwa_mem:
input:
bwa_index_done = "ref",
fastq1="{sample}_R1.trimmed.fastq.gz",
fastq2="{sample}_R2.trimmed.fastq.gz"
output:
bam = temp("{sample}.bam")
shell:
"""
bwa mem ref {input.fastq1} {input.fastq2} -o {output.bam}
"""
rule_gatk_refdict:
input:
ref="ref.fasta"
output:
done =touch("ref")
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar CreateSequenceDictionary -R {input.ref} -O {output.done}
"""
rule gatk:
input:
gatk_refdict_done = "ref",
bam="bam_list"
output:
outf ="{chr}.vcf"
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar HaplotypeCaller -L {wildcards.chr} -R ref -I {input.bam} --min-base-quality-score 20 -O {output.outf}
"""或者，我指定索引.dict，但这两者都不起作用，因为gatk在创建dict之前调用变量，因此我得到一个错误，即没有dict文件：
rule_gatk_refdict:
input:
ref="ref.fasta"
output:
outf ="ref.dict"
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar CreateSequenceDictionary -R {input.ref} -O {output.outf}
"""
rule gatk:
input:
ref = "ref.fasta",
bam="bam_list"
output:
outf ="{chr}.vcf"
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar HaplotypeCaller -L {wildcards.chr} -R {input.ref} -I {input.bam} --min-base-quality-score 20 -O {output.outf}
"""如何解决这个问题？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-10-23 11:58:20
为什么不简单地将dict文件定义为gatk规则的输入，将μndex定义为bwa规则的输入？
rule bwa_index:
input:
database="ref.fasta"
output:
done =touch("ref")
shell:
"""
bwa index -p ref {input.database}
"""
rule bwa_mem:
input:
bwa_index_done = "ref",
fastq1="{sample}_R1.trimmed.fastq.gz",
fastq2="{sample}_R2.trimmed.fastq.gz"
output:
bam = temp("{sample}.bam")
shell:
"""
bwa mem ref {input.fastq1} {input.fastq2} -o {output.bam}
"""
rule gatk_refdict:
input:
ref="ref.fasta"
output:
done = "ref.dict"
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar CreateSequenceDictionary -R {input.ref} -O {output.done}
"""
rule gatk:
input:
ref = "ref.fasta",
dict = "ref.dict",
bam="bam_list"
output:
outf ="{chr}.vcf"
shell:
"""
java -jar gatk-package-4.1.9.0-local.jar HaplotypeCaller -L {wildcards.chr} -R {input.ref} -I {input.bam} --min-base-quality-score 20 -O {output.outf}
"""您得到的AmbiguousRuleException是因为snakemake不知道要运行哪条规则，因为两个规则具有相同的输出。不要忘记，snakemake试图从所有规则开始构建DAG。当涉及到运行rule gatk时，您可以将"ref"定义为输入。因为有两个规则可以生成这个文件，所以snakemake不知道它必须使用rule gatk_refdict或rule bwa_index。
在那里有一个错误("_“不应该在那里)：
----v
rule_gatk_refdict:
input:
ref="ref.fasta"
...页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/64499458
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