使用apply和abind与for循环
使用apply和abind与for循环
提问于 2020-08-18 15:16:23
我正在使用apply和abind创建一个数据帧，其中包含来自三个类似数据帧的所有单个值的平均值。我想循环这段代码，其中唯一改变的是我正在使用的仪器的名称(CAI.600，Thert.1等)。
到目前为止，这就是我所拥有的：
FIDs <- c('CAI.600', 'Thermo.1')
for (Instrument in FIDs) {
A.avg <- apply(abind::abind(paste0('FID.Eval.A.1.', Instrument),
paste0('FID.Eval.A.2.', Instrument),
paste0('FID.Eval.A.3.', Instrument),
along = 3), 1:2, mean)
assign(paste0('FID.Eval.A.', Instrument), A.avg)
}其中所有df看起来都与此类似(行数和列数相同)：
> FID.Eval.A.1.CAI.600
FTIR O2 H2O CAI.600 CAI.600.bias
1 84.98 20.90 0.06 254.96 0.01
2 49.98 20.90 0.09 150.09 0.09
3 25.00 20.94 0.09 75.24 0.31
4 85.03 10.00 0.08 251.99 -1.22
5 50.03 10.00 0.09 148.51 -1.06
6 24.99 10.00 0.07 74.00 -1.27
7 84.99 0.10 0.06 246.99 -3.13
8 50.03 0.10 0.14 146.50 -2.39
9 24.96 0.10 0.10 72.97 -2.55
> FID.Eval.A.2.CAI.600
FTIR O2 H2O CAI.600 CAI.600.bias
1 85.45 21.37 0.53 255.43 0.48
2 50.45 21.37 0.56 150.56 0.56
3 25.47 21.41 0.56 75.71 0.78
4 85.50 10.47 0.55 252.46 -0.75
5 50.50 10.47 0.56 148.98 -0.59
6 25.46 10.47 0.54 74.47 -0.80
7 85.46 0.57 0.53 247.46 -2.66
8 50.50 0.57 0.61 146.97 -1.92
9 25.43 0.57 0.57 73.44 -2.08
> FID.Eval.A.3.CAI.600
FTIR O2 H2O CAI.600 CAI.600.bias
1 85.32 21.24 0.40 255.30 0.35
2 50.32 21.24 0.43 150.43 0.43
3 25.34 21.28 0.43 75.58 0.65
4 85.37 10.34 0.42 252.33 -0.88
5 50.37 10.34 0.43 148.85 -0.72
6 25.33 10.34 0.41 74.34 -0.93
7 85.33 0.44 0.40 247.33 -2.79
8 50.37 0.44 0.48 146.84 -2.05
9 25.30 0.44 0.44 73.31 -2.21我会得到一条错误消息，上面写着“来必须在0和2之间”，或者当我调整的时候，我会收到一个警告：“参数不是数字或逻辑:返回NA”。
我是不是应该使用其他东西而不是循环。
当我不使用abind运行for loop，时，最终结果如下所示：
## Average of repeat tests
FID.Eval.A.CAI.600 <- apply(abind::abind(FID.Eval.A.1.CAI.600,
FID.Eval.A.2.CAI.600,
FID.Eval.A.3.CAI.600,
along = 3), 1:2, mean)
FID.Eval.A.CAI.600 <- as.data.frame(FID.Eval.A.CAI.600)
> FID.Eval.A.CAI.600
FTIR O2 H2O CAI.600 CAI.600.bias
1 85.25 21.17 0.33 255.23 0.28
2 50.25 21.17 0.36 150.36 0.36
3 25.27 21.21 0.36 75.51 0.58
4 85.30 10.27 0.35 252.26 -0.95
5 50.30 10.27 0.36 148.78 -0.79
6 25.26 10.27 0.34 74.27 -1.00
7 85.26 0.37 0.33 247.26 -2.86
8 50.30 0.37 0.41 146.77 -2.12
9 25.23 0.37 0.37 73.24 -2.28其中'FID.Eval.A.CAI.600‘显示三个df的每个值的平均值。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-08-18 20:50:41
若要修复当前问题，请使用get()按字符引用返回对象。到目前为止，paste0调用只返回字符串，而不返回实际对象。
abind::abind(get(paste0('FID.Eval.A.1.', Instrument), envir=.GlobalEnv),
get(paste0('FID.Eval.A.2.', Instrument), envir=.GlobalEnv),
get(paste0('FID.Eval.A.3.', Instrument), envir=.GlobalEnv),
along = 3)实际上，对于更动态的解决方案，考虑mget按名称模式返回所有对象，而不对这三个对象进行硬编码。
而且，在R中，最好尽量避免使用assign。相反，考虑构建包含多个具有函数赋值的对象的one列表，并避免将许多单独的对象淹没在全局环境中。下面使用sapply迭代生成一个平均矩阵的命名列表。
FIDs <- c('CAI.600', 'Thermo.1')
mat_list <- sapply(FIDs, function(Instrument) {
FIDs_list <- mget(ls(pattern=Instrument, envir=.GlobalEnv), envir=.GlobalEnv)
FIDs_arry <- do.call(abind::abind, c(FIDs_list, along=length(FIDs_list)))
return(apply(FIDS_arry, 1:2, mean))
}, simplify = FALSE)
# OUTPUT ITEMS
mat_list$CAI.600
mat_list$Thermo.1甚至更新名称，以符合您原来的需要。
names(mat_list) <- paste0("FID.Eval.A.", names(mat_list))
mat_list$FID.Eval.A.CAI.600
mat_list$FID.Eval.A.Thermo.1页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/63471672
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