问如何计算OpenMM中单个原子间的作用力
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Stack Overflow用户

提问于 2020-07-29 14:31:17

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我是OpenMM的新手，我希望就以下问题提供一些指导：

目前我对运行分子动力学模拟不感兴趣，首先，我只想用OpenMMs琥珀力场计算单个原子对之间的力或自由能。基本上，我想得到一个热图，它表示原子对之间的作用力，类似这样：

其中数字代表力的强度或自由能的值。

我很难找到如何访问OpenMM的这种低级功能，在这里，我可以编写一个自定义脚本，该脚本只计算所需的力，提供原子的三维坐标及其类型。在他们的教程中，我刚刚发现了如何通过提供力场数据和分子系统的PDB文件来运行完全成熟的模拟。

最好我想用python来实现这一点。

任何具体的例子或指导都是非常感谢的。

回答已采纳

发布于 2020-08-04 11:13:01

我在Openmm问题追踪器 on GitHub上找到了一个答案。

简而言之:在OpenMM中没有确切的API来实现这一点，因为我试图从纯粹的物理/化学的角度来很好地定义它。我最好的选择是计算一些看起来像能量的东西，它只基于原子间成对的距离，这种能量可以从这样的开毫米状态中挖掘出来(正如上面提到的讨论中所建议的)：

state = simulation.context.getState(getPositions=True)
positions = state.getPositions(asNumpy=True).value_in_unit(nanometer)

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/63155969

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