( R) Seurat:样品分组
( R) Seurat:样品分组
提问于 2020-07-16 16:22:37
我用Seurat软件包分析了六个单细胞RNA-seq数据集。
这6个数据集是通过每一个不同的10倍运行获得的，然后结合批处理效应-通过Seurat函数"FindIntegrationAnchors“进行校正。同时，在6个数据集中，数据1、2、3和4属于“未处理”组，而数据5和6属于“处理”组。我合并了所有的6个数据集与批处理校正，但我也需要比较的特点“未处理”与“处理”。
如何将数据1,2,3和4分组为“未处理组”，数据5和6分组为“处理组”，然后执行下游分析？
谢谢。
回答 1
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发布于 2020-07-16 16:46:39
一种快速而肮脏的方法是在合并Seurat对象之前添加信息：
...
so_samples[[1]]@meta.data$treatment <- "control"
so_samples[[2]]@meta.data$treatment <- "control"
so_samples[[3]]@meta.data$treatment <- "control"
so_samples[[4]]@meta.data$treatment <- "control"
so_samples[[5]]@meta.data$treatment <- "treated"
so_samples[[6]]@meta.data$treatment <- "treated"
...
anchors <- FindIntegrationAnchors(object.list = so_samples, dims = 1:20)
so_all_samples <- IntegrateData(anchorset = anchors, dims = 1:20)一般来说，最好是从文件中加载这样的元数据，并将其连接到seurat对象，而不需要这样容易出错的复制粘贴代码。还请注意，修改R S4对象(可以使用@访问元素的那些对象)通常是个坏主意，但是由Seurat包提供的修改Seurat对象的功能非常麻烦，因此我怀疑它们是否会改变底层的数据结构。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62939137
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