plotCountDepth R函数中的问题如何解决这个问题？
plotCountDepth R函数中的问题如何解决这个问题？
提问于 2020-06-27 12:20:22
我正在处理一个数据数据，我称之为GBM，包含单细胞测量。因此，我依赖于SCnorm包来处理规范化过程，并对我的数据进行先前的检查。我正在使用(plotCountDepth函数)
这是我的管道：
sce <- SingleCellExperiment::SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))
sce <- plotCountDepth(Data = sce,
Conditions = Label,
FilterCellProportion = .1,
NCores = 3)我真的不明白为什么要继续返回这个错误。
colSums中的错误(Data[，它(条件== Levelsx)])：“X”必须是至少二维的数组
即使我在BioConductor中应用了相同的标准
要有主信息，标签是GBM相同维数的向量，即矩阵G，包含一系列标签来区分每个单元格组。
提前谢谢你
PS : GBM是一个矩阵，列用不同的单元格名命名，行当然是基因。
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-06-27 16:51:13
正如该报告所指出的那样：
数据:可以是单细胞表达的矩阵，其中行是基因，列是样本。基因名称不应是此矩阵中的列，而应分配给行名(数据)。
下面我提供了一个最低限度的工作示例，并建议您检查是否正确地指定了行名：
library(SingleCellExperiment)
library(SCnorm)
GBM = matrix(rpois(10000,20),ncol=50)
rownames(GBM) = paste0("Gene",1:200)
colnames(GBM) = paste0("Sample",1:50)
Label=rep(c("X","Y"),each=25)
sce <- SingleCellExperiment(assays = list('counts' = GBM))该函数工作正常，但编写得不太好，因为它打印出ggplot对象，但无法存储它：
plt <- plotCountDepth(Data = sce,Conditions = Label,
FilterCellProportion = .1,NCores = 3)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/62609938
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