在闪亮的ui中呈现多个情节
在闪亮的ui中呈现多个情节
提问于 2020-05-13 09:52:46
我想做一个闪亮的应用程序，用户可以选择基因。然后他会看到那些基因的所有情节。
选择部分工作正常(我认为)
ui <- fluidPage(
titlePanel("Test"),
sidebarPanel(
selectInput("genes", "Genes:", seurat_genes, multiple = TRUE),
),
mainPanel(
uiOutput('out1')
)
)现在，我想在sidebarPanel旁边绘制选定的基因：
server <- function(input, output) {
output$out1 = renderUI({
p = FeaturePlot(sc, features=input$genes, cols=c("lightgrey", param$col), combine=FALSE)
names(p) = input$genes
for(i in names(p)) {
p[[i]] = plot.mystyle(p[[i]], title=i)
renderPlot(
print(p[[i]])
)
}
})
}seurat_genes是使用Seurat进行分析的数据，这是一个用于单细胞RNA-seq数据的库.因此，用户指定要查看哪些基因，而FeaturePlot则生成这些图。
FeaturePlot是Seurat的一种功能，它“根据‘特征’(即基因表达、PC分数、检测到的基因数目等)在一个维度缩减图上对单个细胞进行着色。”
我对R相当陌生，尤其是闪亮，所以可以随意提出任何改进意见。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-05-14 18:48:32
找到了一个对我有用的解决方案：
library(shiny)
library(Seurat)
# This Data is from my Workspace. I have trouble loading it, so its a workaround and is my next Problem.
seurat_genes = sc.markers[["gene"]]
# Define UI for application that draws a histogram
ui <- fluidPage(
titlePanel("Einzeldarstellungen von Genen"),
sidebarPanel(
selectInput("genes", "Gene:", seurat_genes, multiple = TRUE),
),
mainPanel(
splitLayout(cellWidths = c("50%","50%"),uiOutput('out_umap'), uiOutput('out_ridge'))
)
)
# Define server logic required to draw a histogram
server <- function(input, output) {
output$out_umap = renderUI({
out = list()
if (length(input$genes)==0){return(NULL)}
for (i in 1:length(input$genes)){
out[[i]] <- plotOutput(outputId = paste0("plot_umap",i))
}
return(out)
})
observe({
for (i in 1:length(input$genes)){
local({ #because expressions are evaluated at app init
ii <- i
output[[paste0('plot_umap',ii)]] <- renderPlot({
return(FeaturePlot(sc, features=input$genes[[ii]], cols=c("lightgrey", param$col), combine=FALSE))
})
})
}
})
output$out_ridge = renderUI({
out = list()
if (length(input$genes)==0){return(NULL)}
for (i in 1:length(input$genes)){
out[[i]] <- plotOutput(outputId = paste0("plot",i))
}
return(out)
})
observe({
for (i in 1:length(input$genes)){
local({ #because expressions are evaluated at app init
ii <- i
output[[paste0('plot',ii)]] <- renderPlot({
return(RidgePlot(sc, features=input$genes[[ii]], combine=FALSE))
})
})
}
})
}
# Run the application
shinyApp(ui = ui, server = server)页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/61771459
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