问使用cv.glmnet()的glment错误
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Stack Overflow用户

提问于 2020-05-03 15:49:49

回答 1查看 358关注 0票数 0

当我使用此代码()分析我的数据时，遇到了以下错误：

lasso_fit <- cv.glmnet(x，y，cv.glmnet=‘Cox’，type.measure =‘response.coxnet(y)’中的错误:遇到的负事件时间；考克斯家族不允许

这是我的密码

x <- as.matrix(survival_cancer[,gsub(resSigAll@rownames, pattern = '-', replacement = '_')])
y <- survival_cancer[,c('overall_survival', 'censoring_status')]
names(y) <- c('time', 'status')
y$time <- as.double(y$time)
y$status <- as.double(y$status)
y <- as.matrix(survival::Surv(y$time, y$status))
lasso_fit <- cv.glmnet(x, y, family='cox', type.measure = 'deviance')

X的数据类型

         gene1 gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 gene10 gene11 
sample1
sample2
sample3
sample4
sample5
sample6
sample7
sample
sample

Y的类型：

 time  status
 100      0
  90      1

我不知道问题在哪里？

glmnet

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-05-16 06:08:53

错误消息从写在line#5上的coxnet函数的https://github.com/jeffwong/glmnet/blob/master/R/coxnet.R中引用。

请检查您的时间结果变量之和是否小于0，或者向量本身是否包含条目=0。

票数 0

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/61590929

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