DBScan制表结果
DBScan制表结果
提问于 2020-04-27 10:33:39
我正在研究测序数据，我希望使用DBscan来创建簇，使用等位基因频率参数，这基本上是一个发生的基因突变的0-100%。我在比较每个模式的两个时间点，这给了我x和y的参数。我已经玩了eps和minPts值，这是好的，但我的问题是表的数据，我正在得到。
因此，我想知道哪些基因在由程序创建的集群中。我看过DBscan的文档，似乎在任何地方都找不到相关代码。这么说，我完全是一个业余的R，所以我可能错过了一些非常简单的东西。
我使用的是"dbscan“包--这就是我所运行的
#Curating df to have relevant columns plus gene names, and transforming to matrix
dbscanplot.1 <- Curated.1 %>% select(Gene.Symbol.y, Diag.Allele.Fraction, Rel.Allele.Fraction)
#removing gene names to create matrix
dbscanplotMATRIX.1 <- as.matrix(dbscanplot.1[,2:3])
#running dbscan
kNNdistplot(dbscanplotMATRIX.1, k = 5)
abline(h=5, col = "red", lty=2)
pairs(dbscanplotMATRIX.1, col = res$cluster + 1L)
fr <- frNN(dbscanplotMATRIX.1, eps = 1.3)
dbscan(fr, minPts = 3)
#plotting data
plot(dbscanplotMATRIX.1, col=res$cluster)
points(dbscanplotMATRIX.1[res$cluster==0,], pch = 3, col = "grey")我想知道每个集群中有哪些基因，所以我会操纵"dbscan(fr, minPts = 3)"线？
我尝试过下面推荐的db$cluster，但是生成的数据令人困惑，因为有超过1000个数据点正在进行分析。
一个例子是：
[1] 0 1 2 3 0 4 0 0 2 2 2 5 2 2 2 0 2 0 1 0 4 0 4 2 4 4 2 2 0 2 0 4 2 4 4 6 7 4
但是有着大量的数据点。我想我想知道是否有可能将这些生成的数据与基因名称相匹配。
编辑:我想我已经在Michael的帮助下解决了我的问题。我将dbscan结果导出为整数，然后将新列添加到origianl dataframe中。它似乎与dataframe结果相匹配。
clusters<-res$cluster
dbscanplot.1["Cluster"] <- clusters抱歉，这是一个非常简单的解决方案，但我是一个完全的新手！
谢谢你的帮助!
回答 1
Stack Overflow用户
发布于 2020-04-27 14:37:37
来自文档? dbscan
Value:
An object of class 'dbscan_fast' with the following components:
eps : value of the eps parameter.
minPts : value of the minPts parameter.
cluster : A integer vector with cluster assignments. Zero indicates
noise points.这样，您就可以在代码中通过以下方式获得集群分配：
db <-dbscan(fr, minPts = 3)
db$cluster页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/61456854
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