创建应急表
创建应急表
提问于 2020-01-31 17:25:00
目前，我有一个在基因组中声明特定基因簇的dataframe，它被定义为一个格式良好的选项卡分隔文件，它看起来基本上与下面的dataframe (示例)类似：
Gene Cluster Genome
-----------------------------
GCF3372 Streptomyces_hygroscopicus
GCF3450 Streptomyces_sp_Hm1069
GCF3371 Streptomyces_sp_MBT13
GCF3371 Streptomyces_xiamenensis在此基础上，我想创建一个缺位/存在表或基于这个值为0和1的数据的应急表，这取决于基因组中某个特定基因簇的缺失或存在。整个想法是让我能够测量特定基因簇在基因组中的出现，因此我想要一个存在/缺席表，以便能够对这个矩阵进行统计分析。
x <- data.frame(gc = c('GCF3372','GCF3450','GCF3371','GCF3371','GCF3371'),
strain = c('Streptomyces_hygroscopicus', 'Streptomyces_sp_Hm1069',
'Streptomyces_sp_MBT13', 'Streptomyces_xiamenensis','Streptomyces_hygroscopicus'))
dput(head(x[, c(1,2)]))回答 1
Stack Overflow用户
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发布于 2020-02-03 11:03:51
这是一种从两个分类变量计算应急表的方法。为了说明起见，我将使用sex和height (它们在结构上似乎类似于您在dataframe x中拥有的两个变量)：
数据：
set.seed(300)
df <- data.frame(
Height = sample(c("tall", "very tall", "small", "very small"), 20, replace = T),
Sex = sample(c("m", "f"), 20, replace = T)
)
df
Height Sex
1 very tall f
2 very tall m
3 very tall m
4 tall f
5 very small m
6 tall f
7 tall m
8 very small f
9 small f
10 tall m
11 very small f
12 tall m
13 very small m
14 small f
15 very small m
16 small m
17 very small m
18 very small m
19 tall f
20 tall m首先，正如注释中已经指出的，使用table将数据表化
tbl <- table(df$Sex, df$Height); tbl
small tall very small very tall
f 2 3 2 1
m 1 4 5 2然后，可以将tbl的第一行定义为新的向量female，将第二行定义为male。
female <- tbl[1,]
male <- tbl[2,]最后，将这两个行绑定到向量counts中，这是您的应急表：
counts <- rbind(female, male)
counts
small tall very small very tall
female 2 3 2 1
male 1 4 5 2根据应急表，您可以运行您的测试，很可能是一个x-平方：
test <- chisq.test(counts); test
Pearson's Chi-squared test
data: counts
X-squared = 1.3492, df = 3, p-value = 0.7175页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/60008606
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