文章/答案/技术大牛

发布

社区首页 >问答首页 >如何使用一组指定的EEG通道在Python中绘制蒙太奇图？

问如何使用一组指定的EEG通道在Python中绘制蒙太奇图？
EN

Stack Overflow用户

提问于 2019-11-09 21:32:36

回答 3查看 2.4K关注 0票数 5

我使用Python的MNE包加载了一些EEG数据。数据有46个记录通道从10-20蒙太奇，但我们已经确定了许多死通道，只想集中在其余的。

我可以删除频道，但我不知道如何绘制更新的蒙太奇。

首先，我加载edf文件，复制并删除所需的通道：

import mne as mn
raw = mn.io.read_raw_edf("patient_001.edf",preload=True)
raw_temp=raw.copy()
raw_temp.drop_channels(['E', 'LIO', 'RIO', 'X1', 'X2', 
'X3','X4''X5', 'X6', 'X7', 'X8', 'X9', 'X10', 'X11', 'O2%', 'HR', 
'DC03','DC04', 'EEG Mark1', 'EEG Mark2', 'BP1', 'BP2','STI 014'])

我查过了频道被移除了。我现在要做的是只使用我剩下的23个频道来制作一个更新的蒙太奇：

raw_temp.info["ch_names"]

“Fp1”、“FP2”、“F3”、“F4”、“C3”、“C4”、“P3”、“P4”、“O1”、“O2”、“F7”、“F8”、“T7”、“T8”、“P7”、“P8”、“Fz”、“Cz”、“Pz”、“A1”、“A2”、“T1”、“T2”

从我非常有限的渠道布局知识，我理解字母代表位置和数字代表半球，例如F4代表额叶，右侧。

下面打印10-2093通道布局的蒙太奇：

montage = mn.channels.read_montage("standard_1020")
raw_temp.set_montage(montage)
montage.plot()

其他蒙太奇选项列于

https://github.com/mne-tools/mne-python/blob/master/mne/channels/montage.py

但我看不出有46个频道可选。

有没有办法为我的23个频道制作蒙太奇？

python

montage

mne-python

回答 3

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-03-11 13:40:19

当读取原始eeg文件时，您应该为原始数据分配一个蒙太奇(您也可以在创建时代之后这样做)。这可以使用每个电极的坐标和一些基准点来完成(参见蒙太奇)。如果您的数据来自标准的10-20系统，那么您可以使用内置函数mne.channels.make_standard_montage('standard_1020')获得93通道蒙太奇，然后只保留您感兴趣使用以下代码的电极：

# Form the 10-20 montage
mont1020 = mne.channels.make_standard_montage('standard_1020')
# Choose what channels you want to keep 
# Make sure that these channels exist e.g. T1 does not exist in the standard 10-20 EEG system!
kept_channels = ['Fp1', 'Fp2', 'F3', 'F4', 'C3', 'C4', 'P3', 'P4', 'O1', 'O2', 'F7', 'F8', 'T7', 'T8', 'P7', 'P8', 'Fz', 'Cz', 'Pz', 'A1', 'A2', 'T1', 'T2']
ind = [i for (i, channel) in enumerate(mont1020.ch_names) if channel in kept_channels]
mont1020_new = mont1020.copy()
# Keep only the desired channels
mont1020_new.ch_names = [mont1020.ch_names[x] for x in ind]
kept_channel_info = [mont1020.dig[x+3] for x in ind]
# Keep the first three rows as they are the fiducial points information
mont1020_new.dig = mont1020.dig[0:3]+kept_channel_info
mont1020.plot()
mont1020_new.plot()

在这里输入图像描述

我建议您分配一个蒙太奇(查看原始数据之前，拒绝任何渠道。这样，在丢弃坏信道之后，您可以非常容易地在预处理的任何一点上获得更新的蒙太奇信息：

    raw = raw.set_montage(mont)
updated_mont = raw.get_montage() #also works with epo.get_montage()

然后，您可以简单地绘制更新的蒙太奇：

updated_mont.plot()

票数 1

Stack Overflow用户

发布于 2020-06-15 17:48:51

如果只想绘制电极布局，可以使用Layout类而不是Montage类：

import mne

layout = mne.channels.read_layout("EEG1005")
selection = [
    "Fp1",
    "Fp2",
    "F3",
    "F4",
    "C3",
    "C4",
    "P3",
    "P4",
    "O1",
    "O2",
    "F7",
    "F8",
    "T7",
    "T8",
    "P7",
    "P8",
    "Fz",
    "Cz",
    "Pz",
    "A1",
    "A2",
    "T1",
    "T2",
]
picks = []
for channel in selection:
    picks.append(layout.names.index(channel))
display = layout.plot(picks=picks)

这给了你

至少对mne==0.18.0来说是这样。

票数 2

Stack Overflow用户

发布于 2021-07-22 01:25:57

注意: ind = [i，通道)在枚举(mont1020.ch_names)打印:这是ind : 0，2，15，17，19，21，23，39，41，43，61，63，65，80，81，82，86，87，88，89

ind =[枚举(mont1020.ch_names)中(i，通道)打印的通道: ind：“FP1”、“FP2”、“F7”、“F3”、“Fz”、“F4”、“F8”、“C3”、“Cz”、“C4”、“P3”、“Pz”、“P4”、“O1”、“Oz”、“O2”、“T3”、“T5”、“T4”、“T6”

票数 0

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/58783695

复制

相似问题

问如何使用一组指定的EEG通道在Python中绘制蒙太奇图？
EN

回答 3

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问如何使用一组指定的EEG通道在Python中绘制蒙太奇图？EN

回答 3

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

Stack Overflow用户

社区

活动

圈层

关于

腾讯云开发者

热门产品

热门推荐

更多推荐

问如何使用一组指定的EEG通道在Python中绘制蒙太奇图？
EN