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问logistic增长曲线nls拟合上界的设置
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Stack Overflow用户

提问于 2019-11-06 01:07:27

回答 1查看 82关注 0票数 0

我正在拟合logistic增长曲线，但nls高估了我的参数。我有一些关于蜗牛的数据，这些蜗牛的大小是渐近的(K)，而且它们的生长模式也有一个逻辑的形状。一些渐近大小被估计过了，所以我想给模型设置一个上限，这样它就不会让这个参数超过蜗牛增长到的最大长度。

Logistic方程:y~K*y0*exp(木乃伊* x)/(K+y0*(exp(mumax * x)-1)

数据：

x<-c(4,6,8,10,12,14,16,18,20,22)
y<-c(0.7, 0.9, 1.3, 1.9, 2.3, 2.8, 3.35, 3.4, 3.4)

模型有效，但估计K值为3.9：

y0_start<-0.4
mumax_start<-0.2
K_start<-3.3

m<-nls(y~K*y0*exp(mumax*x)/(K+y0*(exp(mumax*x)-1)),
   start=list(y0=y0_start,mumax=mumax_start, K=K_start))

不适用于约束的模型：

m<-nls(y~K*y0*exp(mumax*x)/(K+y0*(exp(mumax*x)-1)),
        start=list(y0=y0_start,mumax=mumax_start, K=K_start, 
        algorithim="port", lower=list(y0=0, mumax=0, K=0), 
        upper=list(y0=0.4,mumax=0.4, K=3.45)))

错误：

Error in qr.default(.swts * gr) : 
  NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 1)
In addition: Warning message:
In storage.mode(temp) <- "double" : NAs introduced by coercion

curve

nls

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2019-11-06 01:29:00

有几个问题：

"algorithm"

your
x和y的长度是不同的
你拼错了的

圆括号是错的。

下面是正确的代码，但是您需要修复x和y的长度

m <- nls(y~K*y0*exp(mumax*x)/(K+y0*(exp(mumax*x)-1)),
        start=list(y0=y0_start, mumax=mumax_start, K=K_start), 
        algorithm="port", lower=list(y0=0, mumax=0, K=0), 
        upper=list(y0=0.5, mumax=0.4, K=3.45))

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/58721679

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