在Windows环境下使用Anaconda用mpio配置H5py
在Windows环境下使用Anaconda用mpio配置H5py
提问于 2019-10-11 16:30:10
我想要创建一个h5文件，为了做到这一点，在我的示例中，不同的进程必须分别读取文件，并将一些值附加到公共数据集的一个列中。
我想通过python使用、mpio和h5py来实现它，而解释器是一个conda环境。但是当我试图启动一个像这样的简单程序时：(如doc-site：http://docs.h5py.org/en/stable/mpi.html中所示)
from mpi4py import MPI
import h5py
rank = MPI.COMM_WORLD.rank # The process ID (integer 0-3 for 4-process run)
f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
dset = f.create_dataset('test', (4,), dtype='i')
dset[rank] = rank
f.close()我总是犯这样的错误：
AttributeError：'h5py.h5p.PropFAID‘对象没有属性'set_fapl_mpio'
在我安装的Anaconda环境中：
conda install h5py
conda install mpio我想知道的是，是否可以在Windows上进行这样的配置，或者如何解决这个错误。
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-11-27 15:27:18
我一直在寻找一种使用conda安装具有MPI支持的h5py的干净方法，下面的工作为我提供了帮助：
conda install -c conda-forge "h5py>=2.9=mpi*"我在GitHub的讨论中找到了它：https://github.com/conda-forge/h5py-feedstock/issues/44
不过，我还没有能够在Windows上专门测试它。
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58345261
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