打开字符串中基于输入值的文件排序
打开字符串中基于输入值的文件排序
提问于 2019-09-19 21:49:21
我有一个具有以下格式的文件，我需要读取以‘’>开头的字符串，并根据OS=按字母顺序对行进行排序。
>Mdm2 OS=Macaca nemestrina OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE
>Mdm2 OS=Homo sapiens OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
>Mdm2 OS=Felis catus OX=9685 GN=MDM2 PE=4 SV=2
MSRGFRRAPLGQQGARIGRASAGSGPPGACAGPVWLERKWSKSPSLRGSPNPSDRSPAGF
AARSL期望产出：
>Mdm2 OS=Felis catus OX=9685 GN=MDM2 PE=4 SV=2
MSRGFRRAPLGQQGARIGRASAGSGPPGACAGPVWLERKWSKSPSLRGSPNPSDRSPAGF
AARSL
>Mdm2 OS=Homo sapiens OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
>Mdm2 OS=Macaca nemestrina OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE到目前为止我的代码是：
while read p;
if [[ $p == >* ]];
then
#what should I do here to sort the line by OS ?
done <input.txt回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-09-20 01:42:50
你能试一下吗。
awk '
/^>/{
if(val){
print val}
val=""
}
{
val=(val?val "##":"")$0
}
END{
if(val){
print val
}
}' Input_file | sort -k2.4 | tr -s '##' '\n'解释：考虑到您的Input_file中没有##，否则您可以将它们更改为任何其他字符串。基本上，我在添加从>开始到最后一行的行，这些行是在下一次出现>之前，通过##分隔符将它们添加到一行中(您可以更改它，我已经提到了)，然后用第二个字段对它们进行排序，最后再将## by tr命令移到新行。
输出如下(为提供的示例运行之后)：
>Mdm2 OS=Felis catus OX=9685 GN=MDM2 PE=4 SV=2
MSRGFRRAPLGQQGARIGRASAGSGPPGACAGPVWLERKWSKSPSLRGSPNPSDRSPAGF
AARSL
>Mdm2 OS=Homo sapiens OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
SSDSGTSVSENRCHLEGGSDQKDLVQELQEEKPSSSHLVSRPSTSSRRRAISETEENSDE
>Mdm2 OS=Macaca nemestrina OX=9545 GN=MDM2 PE=3 SV=1
MVRSRQMCNTNMSVPTDGAVTTSQIPASEQETLVRPKPLLLKLLKSVGAQKDTYTMKEVL
FYLGQYIMTKRLYDEKQQHIVYCSNDLLGDLFGVPSFSVKEHRKIYTMIYRNLVVVNQQE页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58019313
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