使用Dockerfile安装R包
使用Dockerfile安装R包
提问于 2019-10-17 14:47:14
我正在尝试使用Dockerfile安装R软件包。
我安装了映像摇滚歌手/Rstudio。
Dockerfile的内容如下：
# Base image https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio
FROM rocker/rstudio:latest
## Create directories
RUN mkdir -p /rstudio
RUN mkdir -p /rscripts
##Install R packages
RUN R -e "install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')"然后我构建我的映像：docker build -t my_r_image .映像构建，但是包没有安装，因为我收到了以下警告：
将包安装到‘/usr/local/lib/R/site-库’(未指定为‘lib’)警告:无法访问存储库的索引:无法打开URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES‘
我尝试将http://cran.us.r-project.org替换为= 'http://cran.rstudio.com/')"，但我发现了一个类似的错误，即它无法访问存储库的索引。
有人知道我做错了什么吗？
edit1:参见下面的输出，当我这样做时：
.libPaths()
[1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/local/lib/R/library"
install.packages(c('rvest', 'jsonlite', 'data.table' ,'stringr'), repos = 'http://cran.us.r-project.org')
Warning in install.packages :
unable to access index for repository https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib:
cannot open URL 'https://mran.microsoft.com/snapshot/2019-10-15/src/contrib/PACKAGES'
Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
unable to access index for repository http://cran.us.r-project.org/src/contrib:
cannot open URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/PACKAGES'
Warning in install.packages :
packages ‘rvest’, ‘jsonlite’, ‘data.table’, ‘stringr’ are not available (for R version 3.6.1)回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2019-10-18 20:22:57
奇怪的是，使用完全相同的Dockerfile，我使用rocker/tidyverse存储库而不是rocker/rstudio来安装软件包没有问题。有人知道为什么吗？
Stack Overflow用户
发布于 2021-09-13 21:17:52
我也有过类似的问题，FROM rocker/rstudio:latest
对我来说，更改为早期版本解决了我的问题，库能够安装。在我的例子中，我使用了FROM rocker/rstudio:4.0.1
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/58435329
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