将空格分隔的文本文件转换为命名向量以计算HWE
将空格分隔的文本文件转换为命名向量以计算HWE
提问于 2020-03-21 20:28:42
我在处理文本文件和向量。
我有一个空格分隔的文本文件，格式如下：
id1 AA 44 AG 20 GG 36
id2 CC 30 CT 22 TT 48
id3 CT 60 CC 30 TT 10
...我需要一个循环遍历每一行的代码，并将id放在变量中，其余的值放在向量中。对应于第一行的向量的示例：
x <- id1
y <- c(AA=40,AG=20,GG=36)编辑：我需要使用HardyWeinberg包中的HWChisq函数来排除p值< 0.001的SNP。函数需要为每个等位基因指定计数向量。
回答 2
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2020-03-21 21:04:02
逐行循环，然后应用HWE函数：
library("HardyWeinberg")
# data
df1 <- read.table(text = "
id1 AA 44 AG 20 GG 36
id2 CC 30 CT 22 TT 48
id3 CT 60 CC 30 TT 10", header = FALSE, stringsAsFactors = FALSE)
out <- apply(df1[, c(3, 5, 7)], 1, function(i){
x <- HWChisq(setNames(i, c("AA", "AB", "BB")), verbose = FALSE)
x$pval
})
# [1] 5.774374e-09 1.182236e-07 7.434226e-02漂亮的输出：
cbind(df1, HWE = out)
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 HWE
# 1 id1 AA 44 AG 20 GG 36 5.774374e-09
# 2 id2 CC 30 CT 22 TT 48 1.182236e-07
# 3 id3 CT 60 CC 30 TT 10 7.434226e-02若要计算X染色体的HWE，请参阅小片段：
最近，Graffelman和Weir (2016)建议对X染色体上的双等位标记进行HWE的特异性测试。这些测试考虑到了男性和女性。X染色体测试可以通过前一节(HWChisq、HWLratio、HWExact、HWPerm)中提到的相同函数进行，并将参数
x.linked=TRUE添加到函数调用中。
Stack Overflow用户
发布于 2020-03-21 20:34:39
如果我们有备用列(假设我们有一个在R中通过使用.csv文件读取read.csv/read.table创建的对象)，那么用asplit按行拆分，不包括第一个列'id‘列，然后用setNames创建一个命名向量
lst1 <- Map(setNames, asplit(df1[-1][c(FALSE, TRUE)], 1),
asplit(df1[-1][c(TRUE, FALSE)], 1))
names(lst1) <- df1[[1]]
lst1$id1
# AA AG GG
# 44 20 36 数据
df1 <- structure(list(id = c("id1", "id2", "id3"), v1 = c("AA", "CC",
"AA"), v2 = c(44L, 30L, 60L), v3 = c("AG", "CT", "AG"), v4 = c(20L,
22L, 30L), v5 = c("GG", "TT", "GG"), v6 = c(36L, 48L, 10L)),
class = "data.frame", row.names = c(NA,
-3L))页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/60792920
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